对行政诉讼被告主体不当进行处理的方式是：行政诉讼中被告主体不当，说明本案缺乏一个明确的被告，诉讼无法进行，人民法院应当驳回原告起诉，或被告身份错误，原告败诉风险增加。原告应当重新明确被告，另行起诉。
找法网提醒您，根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>的解释》第二十六条原告所起诉的被告不适格，人民法院应当告知原告变更被告；原告不同意变更的，裁定驳回起诉。
应当追加被告而原告不同意追加的，人民法院应当通知其以第三人的身份参加诉讼，但行政复议机关作共同被告的除外。
行政诉讼和民事诉讼的区别如下：
1.诉讼客体和诉讼目的不同。行政诉讼的客体是行政争议，其目的是审查行政行为的合法性，为公民、法人或者其他组织提供法律救济;而民事诉讼的客体是民事争议，其目的是解决民事纠纷，保障当事人的民事权益的实现。
2.诉讼主体不同。
3.当事人的诉讼权利义务不同。行政诉讼中，当事人双方的权利义务不完全对等。但在民事诉讼中，双方当事人享有的诉讼权利和承担的诉讼义务完全对等，当事人都对自己的主张负有举证义务。
4.可否适用调解不同。行政诉讼中不得以调解结案。但在民事诉讼中，调解是一项重要原则，法院既可以调解的方式进行审理，也可以调解的方式结案。
行政诉讼要收费。
1.商标、专利、海事行政案件每件交纳100元；
2.其他行政案件每件交纳50元。
3.无需交纳诉讼费的行政案件：
（1）裁定不予受理、驳回起诉、驳回上诉的案件；
（2）对不予受理、驳回起诉和管辖权异议裁定不服，提起上诉的案件；
（3）行政赔偿案件；
（4）行政诉讼法规定的审判监督程序审理的案件。
