公司按劳动者迟到的分钟数扣钱是合法的，除此之外，用人单位应依法在规章制度中明确上班迟到扣除工资的要求及标准，并已进行公开公示告知员工，且所扣工资必须少于劳动者当月工资的20%。
法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
找法网提醒您，仲裁管辖的劳动争议如下：
1.因确认劳动关系发生的争议；
2.因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
3.因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
4.因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
5.因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
6.法律、法规规定的其他劳动争议。
劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。双方当事人分别向两地仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。对仲裁裁决不服的可以向人民法院起诉，劳动争议案件由用人单位所在地或者劳动合同履行地的基层人民法院管辖。
