企业合并的合法程序如下：
1.提交公司合并的申请，拟合并的公司有两个以上原审批机关的，拟解散的公司应当在向审批机关报送有关文件之前，向其原审批机关提交公司合并而解散的申请。
2.债权、债务的公告，拟合并或分立的公司应当自审批机关就同意合并或分立作出初步批复之日起十日内，向债权人发出通知书，并于三十日内在全国发行的省级以上报纸上至少公告三次。
3.公司设立、变更、注销登记，拟合并或分立的公司，应自审批机关批准合并或分立之日起三十日内，就因合并或分立而解散、存续或新设公司的事宜，到相应的审批机关办理有关缴销、变更或领取外商投资企业批准证书手续。
4.债权、债务的变更公告，合并或分立后续存或新设的公司应自变更或领取营业执照起三十日内，向因合并或分立而解散的公司之债权人和债务人发出变更债务人和债权人的通知，并在全国发行的省级以上的报纸上公告。
5.办理税务、海关、土地管理和外汇管理的登记手续
企业合并后员工的处理方式是应当继续劳动合同，如果裁员的，应当对劳动者进行补偿。公司合并的方式有新设合并以及吸收合并。新设合并是指两个公司同时成为另一个公司，涉及到三个公司。
找法网提醒您，根据《公司法》第一百七十三条，公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
公司合并的债务处理是均由新公司承担。公司合并包括吸收合并和新设合并。公司合并需要进行公告，并通知债权人申报债权，还应当登报。公司合并不需要清算。
《公司法》第一百七十二条，公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。
