请病假工资扣工资，但还是有病假工资的。职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
找法网提醒您，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期的规定》第三条企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：
（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。
（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。
扣发病假工资的仲裁期限是一年。如果劳动者与用人单位因此而产生劳动争议，则劳动者在知道或者应当知道其权利被侵害之日起的一年内，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条【仲裁时效】劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
一般职工病假的申请流程如下：
1.职工普通病假需提前向直属领导提出申请，经直属领导同意后填写《病假条》，将手中急需完成的工作交接给同事；
2.职工几天以上的病假需报经理审批，同意后同上；
3.如果是紧急情况，无法填写《病假条》，可先通过电话、短信等联系方式通知直属领导请假，等处理完后将病历等资料复印件交回公司，完善请假手续。
