检察院提起公益诉讼流程如下：
1.审查内容。检察机关审查行政公益诉讼案件，应当查明：行政机关的法定职责、权限和法律依据;行政机关违法行使职权或者不作为的证据;国家利益或者社会公共利益受到侵害的事实及状态;行政机关违法行使职权或者不作为与损害后果之间存在因果关系;其需要查明的内容。
2.讨论及审批程序。行政公益诉讼案件由检察官办案组办理。审查终结的，应当制作《诉前审查报告》并明确提出是否发出检察建议或终结审查的处理意见，并经集体讨论。集体讨论形成的意见，应当报检察长决定。检察长认为必要的，可以提请检察委员会讨论决定。
3.审查期限。办理行政公益诉讼案件拟作出终结审查或者提出检察建议决定的，应当自决定立案之日起三个月内办理终结。有特殊情况需要延长的，报经检察长决定。检察机关办理行政公益诉讼案件，鉴定、评估、审计期间及报送审批期间不计入审查期限。综上所述，检察院在平时工作中发现政府机构有违法行为，其可以提出检查意见，如果政府机构没有处理，在回复期满后两个月内，检察院应该发起行政公益诉讼。检察院审查的时候，重点看政府机构行为和公共利益受损之间是否有必然联系。
可以提起公益诉讼的情况是污染环境、侵害众多消费者合法权益等损害社会公共利益的行为。污染环境、侵害众多消费者合法权益的行为只有在损害公共利益时，才可基于维护社会公共利益提起公益诉讼。如果针对污染环境、侵害消费者合法权益的行为，直接请求保护个体利益，则不属于本条公益诉讼的范围，而属于一般普通民事诉讼即私益诉讼。
公共利益的核心在于公共性，涉及不特定多数人的利益。尽管代表人诉讼涉及众多当事人，但受害人可以确定，诉讼目的是为维护个人利益，故仍然属于私益诉讼。可以提起民事公益诉讼的案件包括但不限于“污染环境”、“侵害众多消费者合法权益”两类案件，公益诉讼的适用范围还可以根据实践的发展稳步拓展。
公益诉讼包括民事公益诉讼和行政公益诉讼，这是按照适用的诉讼法的性质或者被诉对象（客体）的不同划分的。诉讼法理论认为，利益受到了损害，受害者就有权向法院起诉，请求司法救济。
找法网提醒您，第十二届全国人民代表大会常务委员会第十五次会议决定：授权最高人民检察院在生态环境和资源保护、国有资产保护、国有土地使用权出让、食品药品安全等领域开展提起公益诉讼试点。
