在建工程工伤认定程序有：
1.用人单位或者劳动者本人在有效期内，可以到所在地区的劳动保障局进行申请；
2.申请工伤认定必须向有关部门提交相应的材料；
3.工伤认定申请的材料齐全、管辖部门正确、没有超过时效的，工伤认定部门应当立即受理并书面告知受理的理由；
4.工伤认定部门在受理案件后作出书面结论。
根据《工伤保险条例》第十八条第一款规定，提出工伤认定申请应当提交下列材料：
（一）工伤认定申请表；
（二）与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；
（三）医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。
找法网提醒您，工伤一般赔付费用是没有明确的规定，要根据具体的伤残情况确定，赔偿的项目具体如下：
1.工伤赔偿包括工伤保险基金支付的治疗费、康复费、住院期间生活费、以及伤残一次性伤残补助金和相应等级的津贴。单位支付员工工伤期间的工资，以及伤残的一次性就业补助金，一次性医疗补助金根据地方法规确定支付方；
2.造成一般伤害（未达到残疾）的赔偿：医疗费、伤者住院期间的伙食补助费、生活护理费、工伤期间的工资、交通食宿费；
3.造成伤残的赔偿：医疗费、伤者住院期间的伙食补助费、生活护理费、工伤期间的工资、交通食宿费、辅助器具费、一次性伤残补助金、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金；
4.造成死亡的赔偿：丧葬补助金、一次性伤亡补助金、供养亲属抚恤金。
第一是鉴定的机构不同。司法鉴定一般由司法鉴定所进行鉴定的。而工伤残鉴定由所在地区的劳动能力鉴定委员会进行鉴定的。
第二是鉴定所采用的伤残鉴定标准也是不一样的。司法鉴定采用：《人体损伤程度鉴定标准》、而工伤伤残鉴定采用：《职工工伤与职业病致残程度鉴定标准》。
