拖欠公司工程款的处理是可以找政府部门调解，调解不成的到法院。根据《民法典》规定，发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖。
工程款纠纷避免的方式如下：
1.是重视审查债务方的主体资格;
2.是审查债务方的经营范围;
3.是审查双方所经营内容是否合法;
4.是审查债务方的偿债能力;
5.是审查债务方是否有良好的商业信誉;
6.是审查有无必要签订合同或协议，准备签订的合同或协议条款是否齐备，双方权利义务关系是否明确。
工程款拖欠起诉需要的材料有：
1.招标文件、合同文本及附件，其他各种签约，业主认可的工程实施计划，各种工程图纸，技术规范等；
2.往信件（书信、电子邮件等）。找法网提醒您，如业主的变更指令，各种认可信、通知，对承包商问题的答复信等；
3.各种会议纪要；
4.施工进度计划和实际施工进度记录；
5.施工现场的工程文件，如施工记录、施工备忘录、施工日报、工长和检查员的工作日记、监理工程师填写的施工记录和各种签证等。
