认定工伤单位不配合的办法是由职工自己申请。
用人单位在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日没有为员工申请工伤认定的，职工或者其近亲属可以在一年内进行申请工伤鉴定。
《工伤保险条例》第十七条第一、二款规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
工伤伤残鉴定赔偿由工伤保险基金和单位共同支付赔偿，但是若单位没有缴纳工伤保险，由单位承担所有赔偿。
法律依据：
《社会保险法》第四十一条，职工所在用人单位未依法缴纳工伤保险费，发生工伤事故的，由用人单位支付工伤保险待遇。用人单位不支付的，从工伤保险基金中先行支付。从工伤保险基金中先行支付的工伤保险待遇应当由用人单位偿还。用人单位不偿还的，社会保险经办机构可以依照本法第六十三条的规定追偿。
工伤赔偿有下列项目：
1.医疗费，按照实际治疗所发生的医疗费用计算，凭据支付。
2.住院伙食补助费为本单位因公出差伙食补助标准的70%。
3.交通费、食宿费为本单位职工因公出差伙食补助标准。
4.康复治疗费需经办机构组织专家评定，按照评定的标准计算。
5.残疾用具费，因残疾需要配置补偿功能器具的，凭医疗机构证明，按照普及型器具的费用计算。
6.残疾赔偿金根据受害人丧失劳动能力程度或者伤残等级，按照受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准，自定残之日起按二十年计算。找法网提醒，六十周岁以上的，年龄每增加一岁减少一年;七十五周岁以上的，按五年计算。
