小产权土地使用证办理流程如下：
1.申请
（1）由农村村民个人向所属乡镇国土资源管理所提出申请，领取土地登记申请审批表。
（2）提交个人身份证或农村居民户口簿复印件一份。
（3）土地权属材料(82年5月14日以前，提交村、队权属来源证明书;82年5月14日以后，提交农村建房使用证;97年4月以后提交农村建房申请书、农村建设用地批准书等)。
2.调查
由乡镇国土资源管理所对申请者的用地进行地籍调查、地籍测量、申请人现场指界、邻宗地签字盖章，填写地籍调查表，绘制宗地草图。
3.审核
先由乡镇国土资源管理所进行审核，再报县国土资源局审核，审核用地材料是否合法，用地界线是否无争议，用地面积是否准确。
4.审批
经审核符合“用地面积清楚，界址准确，权属合法，无争议”原则的，可批准并进行张榜公布，在公布一个月内无单位或个人对其提出争议的，由县人民政府颁发集体土地使用证。
1.申请表10元/份;
2.交易费 住宅每平米6元，车库、商业店面每平米10元，买卖双方各负担一半;
3.契税 建筑面积144平方米以下，按房款的1.5%征收;建筑面积144平方米以上，按房款的3%征收（第二套适用）;商用房及车库均按房价的3%征收;
4.印花税 按0.5‰征收【注：3、4所指的房价是指成交价格高于市场评估价格的按成交价格征税，成交价格明显低于市场评估的按市场评估价格征税。】
5.登记费 住宅每证80元，商用房及车库120元;
6.工本费 每证10元;
7.测绘费住宅每平方米1.36元，商用房及车库每平方米2.04元。
首先，办理土地使用证过户需要准备这些材料：
1.转让合同或协议；
2.转让方土地使用权证；
3.受让方房屋所有权证（原件校对后交复印件）；
4.契证（原件校对后交复印件）；
5.受让方身份证（原件校对后交复印件）；
6.其他国土部门要求提交的材料（一般只需提供上述材料）。
