公司债券发行费用应从发行期间冻结资金所产生的利息中支付，二者有差额作如下处理：如果金融债券发行费用小于发行期间冻结资金所产生的利息收入，其差额视同发行债券的溢价收入，在债券存续期间于计提利息时摊销。如果从发行期间冻结资金所产生的利息不足以支付发行费用，其差额较小的，直接列入当期损益。
对于可转换公司债券初始确认的处理，可以参照如下思路：负债成份的公允价值=未来现金流量的现值;权益成份的公允价值=发行价格—负债成份的公允价值;负债成份分摊的交易费用=交易费用×负债成分的公允价值/（负债成份的公允价值 权益成份的公允价值）;权益成份分摊的交易费用=交易费用×权益成分的公允价值/（负债成份的公允价值 权益成份的公允价值）
负债成份应分摊的交易费用实际上是计入了应付债券——可转换公司债券（利息调整）中。分摊交易费用后，对于发行方来说，自己承担的实际利率是高于市场的实际利率的。那么这个时候需要计算包含了相关税费的债券的实际利率，比如债券负债成分公允价值为900万元，分摊的交易费用为20万元，那么这里对于发行方来说，债券的公允价值其实就变成了880万元了，因为发行方实际是支出了费用的，相当于是收到的发行收入减少为880万元了，那么应该按照新的公允价值880万元来计算实际利率。也就是说，发生了交易费用后的实际利率和市场上的实际利率是不一致的，此时需要重新计算实际利率。
公司发行债券的发行费用包括：
（一）证券印制费。
（二）发行手续费。
（三）宣传广告费。
（四）发行价格与票面面额的差额。
（五）担保抵押费用。
（六）信用评级和资产重估费用。
（七）其他发行费用。
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