经济补偿是按应发工资计算，而不是按实发工资计算。
根据《劳动合同法实施条例》第二十七条规定：劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。故应当是应发工资
劳动者的以下劳动收入不列入经济补偿金基数的范围：
（一）劳动保护费用，如工作服、解毒剂、清凉饮料费用等;
（二）按规定未列入工资总额的各种劳动报酬及其他劳动收入，如创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖、合理化建议和技术改进奖、中华技能大奖等，以及稿费、讲课费、翻译费等。
我国《劳动法》、《劳动合同法》规定经济补偿金应按劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资计算，虽然未规定平均工资是税前工资还是税后工资，但《劳动合同法实施条例》规定经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，这里的用词是“应得工资”，不是“实得工资”，说明是含税的工资。
根据财政部、国家税务总局2001年颁布的《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》第一条规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用），其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》（国税发〔1999〕178号）的有关规定，计算征收个人所得税。所以如果在计算经济补偿金时按照税后工资计算，就存在重复征税的问题。由此可知，经济补偿金在一定金额以内的不需纳税，也即用人单位以代扣代缴个人所得税的理由不成立。因此，笔者认为经济补偿金应当以税前工资为标准计算。
经济补偿金不包括加班费。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
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