《土地增值税暂行条例》第二条规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。
《个人所得税法》及其《实施条例》规定，财产转让所得应纳个人所得税。财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
《印花税暂行条例》第二条规定，权转移书据为应纳税凭证。 产权转移书据包括财产所有权和版权、商标专用权、专利权、专有技术使用权等转移书据。
根据上述规定，自然人股东将持有的企业股权转让，企业土地、房屋权属不发生转移，不缴纳营业税和土地增值税。自然人股东应按所载金额万分之五缴纳印花税，应以股权转让收入额减除原股东向公司投资成本和合理费用后的余额为应纳税所得额，按照财产转让所得项目适用20%税率缴纳个人所得税。
（一）目前对于房地产公司转让股权是否缴纳土地增值税则争议较大，具体体现如下：
1、增值额难以确定。土地增值税实行四级超额累进税率，而确定税率的关键就是确定增值额。根据《土地增值税暂行条例》的规定，纳税人转让房地产所取得的收入，减除规定扣除项目金额后的余额，为应纳土地增值税的增值额。以股权转让方式转让房地产的交易中，要确定增值额，首先要确定房地产转让收入和扣除项目金额。扣除项目金额被转让企业账面有记载，容易获得。房地产转让收入应如何确定，转让方获得的是股权转让收入，包括房地产价值、股本价值和其他资产价值。哪些属于房地产价值，很难确定。
2、存在重复征税。适用国税函[2000]687号对股权转让行为征收土地增值税，是对股权转让方征税，被转让企业的土地账面价值不会相应得到调整，股权收购方在购买被转让企业股权，获得该房地产后，无论继续开发后转让或直接转让，均只能以被转让企业账面记载的房地产开发成本作为计算土地增值税的扣除项目金额，不能将股权转让方已经缴纳的土地增值税计入扣除项目金额。势必造成对同一房地产销售行为重复缴纳土地增值税的情况。
3、容易被规避。国税函[2000]687号文件的适用，必须满足三个条件：
（1）股权转让行为为一次性行为；
（2）转让100%股权；
（3）以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物。
只有同时满足上述三个条件才能适用687号文件对以股权转让方式转让房地产的行为征收土地增值税。如果以股权转让方式转让房地产行为的最终目的是为了避税，那么企业通过多次股权交易或者转让99%的股权，就不满足国税函[2000]687号的适用条件，是不征收土地增值税。
通常来说，房地产公司进行股权转让，企业所得税和印花税是必须要缴纳的，目前在土地增值税上是否有优惠还存在争议，大部分观点是这个税费也是要收的。并且，按照小微企业税费规定，小微企业享有所得税减免政策，但是房地产公司通常规模很大，并不属于小微企业。所以说房地产公司转让股权是否节约税费，还要看具体情况而定。
房地产并购项目，实践中一般采取资产转让和股权转让这两种方式。不同的转让方式各自存在不同的法律风险。房地产企业资产转让方式下的法律风险，主要考察转让人是否取得了施工许可证，是否有具备了开工条件的建设项目。已经具备施工许可证和开工条件的建设项目的，应根据转让合同与相关文件至房产管理部门履行土地使用权变更登记手续，并在30日内到房地产开发主管部门进行备案。
（一）房地产企业股权转让方式下，受让方必须考虑房地产项目风险和公司股权风险双重风险。
1、注意股权变更应当获得相应的批准手续。
股权收购程序是否具有合法性和有效性，关乎转让的成败。企业涉及国有产权转让的，必须经国有资产管理机构的批准或决定，并在产权交易所内签订产权转让合同，由产权交易中心出具产权交割单后，才能正式办理股权和工商变更登记手续。中外合资的项目公司，当股权发生变更时，企业还必须经外经委审批，确认投资主体发生改变，否则股权收购合同不能生效。
2、股权转让交易款的支付风险。
由于房地产项目的股权转让涉及金额一般都非常庞大，交易款往往一般无法一次性付清，因此合同中应当明确股权收购的交割时间和方式。交易款支付与股权的交割一旦设计不合理，会使整个股权转让面临失败风险，出让方极有可能拿不到交易款，受让方可能丧失股权。股权转让交易款的支付风险，包括分期支付分批转让的法律风险和先交割后支付的风险。
3、注意目标房产项目规划、建设是否合法。
无论并购采取何种方式，受让人最终的目的是项目本身，因此需考察项目方案所涉及的细节问题，包括房地产项目对周边居民的日照影响，场地是否有利于组织施工、地下条件、用地性质、土地使用年限、原来的设计结构等因素，还要注意房地产项目审批的手续是否完备以及是否有违法情形。
4、房地产项目公司以往经营的潜在风险。
房地产项目公司以往是否存在违规经营，包括是否有偷税漏税的潜在纳税处罚风险，董事会、股东会决议是否合法有效等，都有可能造成对房地产项目公司及负责人在经济上或非经济上的法律责任。虽然转让协议中一般约定受让方对以往的经营不承担责任，但受让方收购股权后，税务局等政府部门仍可以就以往经营的非合法性对收购后的房地产项目公司进行处罚，收购方承担了相应的处罚后，再对原股东进行追偿时，存在原股东已无力偿还的风险。
5、房地产项目公司的产权风险
土地使用权或在建工程有可能存在被原股东多次抵押，也有可能被原股东的债权人查封的情况。因为股权转让不需要进行房地产产权的过户，产权风险相对隐性，因此作为受让方必须审核房地产产权证内是否标注有他项权利的登记，并到房地产管理部门核实产权证的真伪。
6、注意了解房地产项目公司的潜在债务问题。
房地产项目公司的债务，包括未披露的对外担保、潜在的合同违约、潜在的未支付款项等。受让方收购股权后，必须承担目标公司的债务责任。即使转让协议明确约定受让方对目标企业被收购前形成的债务不承担责任，但由于这种协议条款不能对抗善意的第三人，收购方只能在对外承担了债务责任后再对原来的股东进行追偿。而这时原来股东的偿债能力可能已经没有保证，从而使股权收购方无处追偿。
7、转让协议明确办理工商变更登记的法律责任。
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