依据我国相关法律的规定，工程施工合同纠纷是属于民事纠纷，而民事诉讼举证的原则是谁主张谁举证，所以应该由起诉人承担举证责任。
《中华人民共和国民事诉讼法》规定 当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。
人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷 案件适用法律问题的解释(二)》
第三条 建设工程施工合同无效，一方当事人请求对方赔偿损失的，应当就对方过错、损失大小、过错与损失之间的因果关系承担举证责任。
损失大小无法确定，一方当事人请求参照合同约定的质量标准、建设工期、工程价款支付时间等内容确定损失大小的，人民法院可以结合双方过错程度、过错与损失之间的因果关系等因素作出裁判。
依据我国现行法律规定，合同被确认无效后，将导致合同自始无效，合同关系不再存在，当事人不再享有和承担原合同规定的权利和义务，不能产生当事人所预期的法律后果。建设工程施工合同无效的法律后果也不例外，但由于其标的特殊性，其无效的处理与普通无效合同有着很大的差别，当事人的缔约过失也比普通无效合同复杂。
建设工程施工合同订立后尚未履行前被确认无效的后果。尚未履行前被确认无效的建设工程施工合同，双方当事人均不得再继续履行。这时，合同无效的处理只按照缔约过失来承担责任，由有过错的一方赔偿另一方因合同无效而造成的损失，双方均有过错的，依照过错大小承担相应的责任。另外，损害事实的举证责任在受损害一方，如果受损害一方对其损失不能通过举证加以明确，其要求过错方承担赔偿责任的请求法院不能支持。而有过错一方除了自行承担给自己造成的违法后果外，还要承担无过错方的实际损失。
建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持;（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
以上是找法网编辑对主张建设工程施工合同无效由谁举证的介绍，综上所述，根据民事诉讼法的谁主张，谁举证的规定，举证责任由主张施工合同无效的一方承担。希望对您有帮助。如果您不懂如何起诉，可以咨询找法网律师，他们会给您专业的建议。
