违章建筑的认定是由县级以上人民政府土地行政主管部门负责的，现实情况中一般是由住建部门和市政管理部门负责的。
具体依据《中华人民共和国土地管理法》规定如下：
（一）第七十三条
买卖或者以其他形式非法转让土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门没收违法所得；对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施；可以并处罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
（二）第七十四条
违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
（三） 第八十三条
依照本法规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除；对继续施工的，作出处罚决定的机关有权制止。
建设单位或者个人对责令限期拆除的行政处罚决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院起诉；期满不起诉又不自行拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。
（一）范围不同：
（１）违法建筑的范围窄，仅指违反法律、行政法规的规定所建造的建筑物。
（２）违章建筑的范围较宽，指违反法律、法规和规章的规定所建造的建筑物。《国有土地上房屋征收与补偿条例》使用了“违法建筑”，显然将违法建筑认定为狭义的违章建筑。
（二）违反法律法规不同：
（１）违章建筑：违反《土地管理法》、《城乡规划法》、《村庄和集镇规划建设管理条例》等相关法律法规的规定动工建造的房屋及设施。
（２）违法建筑：违反《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国城乡规划法》等。
（一）违法建筑在被行政主管机关定性之前，依法应受到保护
按照物权法的基本原理，除了无主财产之外，只要有物存在，就必然存在着物权。就违法建筑而言，在被行政主管机关确认为违法建筑之前，已经被违法建筑的所有权人实际控制着，因则违法建筑的所有人享有着对该违法建筑的实际的占有、使用、收益的权利。这种权利，是基于对建筑材料的合法占有而享有的，故法律应当予以适当的保护。
任何部门在未经规划部门对建筑进行合法性认定前，私自强制拆除，必然侵害所有权人的权利，所有权人有要求私自强拆行为人给予补偿。
（二） 违法建筑的拆除一定要按照法律程序规定，任何违反法律规定的拆除都是可以抵制的。
违法建筑的所有权人应严格核查拆除单位是否按照法律程序对自己的违法建筑进行拆除；如拆除单位未按照程序进行拆除，所有权人完全可以拒绝违法拆除。同时，拆除单位尽快拆除违法建筑的目的是为了达到推进与自己利益关系的工程进展等目的，违法建筑的所有权人只要按照法定程序行使自己申请复议的权利等等，必然可以使拆除单位的进展放缓，这样就能为违法建筑所有权人争取得到谈判、补偿的机会。
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