《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》(国发[2004)28号)出台，28号文件对征地补偿安置制度作了非常全面、明确的规定，其中对征地补偿费用的分配和使用进行监督的规定也非常具体。根据第十五条的规定，被征地的农村集体经济组织应当将征地补偿费用的收支和分配情况，向本集体经济组织成员公布，接受监督。农业和民政等部门应加强对农村集体经济组织内部征地补偿费用分配和使用情况的监督。国土资源部《关于完善征地补偿安置制度的指导意见》的通知中，也明确规定“当地国土资源部门应配合农业、民政等有关部门对被征地集体经济组织内部征地补偿安置费用的分配和使用情况进行监督”。
（一）土地补偿费的归属纠纷。一般情况下，地上附着物及青苗补偿费的归属不易发生纠纷，容易引起纠纷的通常是土地补偿费的归属。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第26条第1款的规定，土地补偿费归农村集体经济组织所有。而根据《中华人民共和国土地管理法》第10条的规定，如果村内有两个以上集体经济组织，则它们之间就可能因征收补偿费的归属发生争议。
对于此种争议应如何解决，《土地管理法》及其《实施条例》并未做出明确规定。 农村集体经济组织与其成员间分配土地补偿金纠纷。农村集体经济组织与其成员间分配土地补偿金的纠纷是否属于司法审查的范围，法律法规没有明确规定。最高人民法院过去对此问题的复函、答复及立案庭意见也颇不一致。
（二）传统观念影响导致的分配权纠纷。调查显示：当前征地补偿费标准偏低，非常有限的补偿费用成为村民争夺的目标，每个人都想争得更多的补偿金，而排除他人参与分配，于是，借村民自治权利而剥夺他人的利益享有成为村民集体土地征用补偿费分配纠纷案件剧增的主要原因。对于嫁城女、入赘婿等能否享有分配权、享有多大分配权，因无明确的法律依据，在实践中各地各村依《中华人民共和国村民委员会组织法》在行使自治权中处理的结果相差很大，有的明确不能享有，有的限定满足一定条件才享有分配权，也有少数就给予分配权，但该分配权较同村组其他成员要小的多等，于是没有享有分配权或没有享有完全分配权的村民，以要求享有村民待遇为由，纷纷诉至法院，对该类案件因缺乏法律依据，在处理上随意性较大，很难使当事人服判息讼，往往导致越级上访或群体上访事件的发生。
户主变更。在家庭成员中，“第一轮”土地承包时为户主的父母到“第二轮”承包时大部分户主变更为子女，土地补偿费分配时又由户主到村民小组领取，这样部分子女与父母在赡养问题上发生纠纷，以致父母向子女追索土地补偿费。
（三）未被征用土地的户主争益。部分农户的土地未被征用，至村（居）民小组分配土地补偿费、房屋、土地补偿费的再生利益或利息时,以集体经济组织成员身份向村（居）民小组索取该利益，村（居）民小组实行差别待遇。
（四）其他：当事人认为其具有该集体经济组织成员资格，却被排除于分配范围之外而产生的纠纷。
既然法律已规定土地补偿费归农村集体经济组织所有，笔者认为有权参与分配的只能是集体经济组织成员。而认定集体经济组织成员的依据一般应以户籍为原则，但户籍又不是唯一依据。在第一种分配方式中，应注意区分如下几种情况：
1、为了分配土地补偿费，以不正当手段迁入户口，不应当认定其分配资格；
2、为了成就某种便利条件而将户口迁入，不应当认定其分配资格，如许多中、小学和幼儿园的就读条件中包括户口所在地，部分家长为子女择校而将子女的户口迁入亲戚处；
3、因在大中专院校就读而将户口迁出，其父母仍以集体经济组织的基本生产资料为经济生活保障，为确保其安心学习所必要的生活费用，应当认定其分配资格；
4、大中专院校毕业后又将户口迁回，已属居民户，且已在外工作，有生活来源，虽然未将户口迁至其工作所在地，但不应当以户口在本村认定其分配资格；
5、已嫁入的妇女，户口已迁入，应查明其娘家所在地是否已收回其责任田，如未收回，其作为农民的合法权益未被侵犯，不应当认定其分配资格；
6、确系本村新生人口，根据法律规定，人的民事权利能力始于出生，故不能以其户口手续未办好而拒绝发放，只要能够确认征地补偿费产生于其出生之后，就应当认定其分配资格。
针对第一种分配方式的其他主要纠纷，笔者认为：1、服刑人员的合法财产权利不受剥夺，不应当以其正在服刑为由拒绝发放；2、农村集体经济组织无权扣留村民的合法财产，确实存在其他纠纷应通过正当途径、合法程序解决。
对第二种分配方式的主要纠纷，笔者认为：承包人死亡后，继承人可继续承包经营责任田，但该责任田被征用后的补偿费，继承人只能分得青苗补偿费，土地补偿费应归农村集体经济组织所有，因为农村集体经济组织无须在征用已死亡的承包人的责任田后调整相应数量和质量的土地给已死亡的承包人或其继承人继续承包经营。根据法律规定，只有集体土地经营管理单位应当调整又未能调整其他数量和质量相当的土地给农民继续承包经营的，才应当将不少于百分之七十的土地补偿费支付给被征地农民。
（一）民主议定原则和合法性原则。村民自治必须是真正的大多数村民的集体意志，而不是某个人或某些少数人的意志，且该意志不能违反法律的强制性规定。《中华人民共和国村民委员会组织法》第二十条第二款规定：“村民自治章程、村规民约以及村民会议或者村民代表会议讨论决定的事项不得与宪法、法律、法规和国家的政策相抵触，不得有侵犯村民的人身权利、民主权利和合法财产权利的内容”。一些农村部分村民的土地收益权得不到保护，与人们对村民自治的模糊认识有很大的关系，其所依仗的就是村民自治制度所赋予的一些权力，其实这是对村民自治权力的滥用。在一个民主和法治的国家，任何形式的自治都不能同国家的依法行政相违抗，任何形式的自治章程都不能同国家的法律相抵触，任何形式的社区民主决定都不能损害公民的基本权利。因此，那些同国家法律、法规和国家政策相抵触的自治章程、村规民约以及村民民主决定都是自然无效的。村民自治必须在民主和法治的轨道上才能获得健康发展，必须做到既要充分发扬民主又要遵守法律。
（二）平等原则。在进行征地补偿款分配中，要充分保障每个集体经济组织成员或村民享有平等的待遇，正确地处理利益关系。之所以会出现剥夺少数成员或村民征地补偿款分配的收益权，主要受经济利益驱动的影响，农村集体经济组织每次的收益和征地款分配总量是恒定的，为了更多的分配集体收益，惟有通过减少应分款人数来实现多数村民的最大利益化，因此，公正、公平地分配征地款是保障每个成员或村民享有土地收益权的前提。
（三）权利、义务相一致原则。集体成员在享有分配利益的同时要考虑其对集体所尽义务的大小，做到权利与义务相一致，公平合理地分配征地款。
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