1、由于当事人的诉讼请求少于仲裁裁决事项，导致已被仲裁裁决所支持的事项无法申请强制执行。
在实践当中，大多数劳动争议仲裁案件都是由劳动者申请仲裁，用人单位是被申请人，很多的仲裁裁决结果都是用人单位履行义务，因此，仲裁裁决之后，大量的诉讼案件是由用人单位作为原告向法院提起诉讼。用人单位起诉后（如起诉请求判决用人单位不向劳动者支付经济补偿金），法院经审理认为应支持其诉请，则判决用人单位不支付经济补偿金；如法院认为其诉请不应得到支持，则判决用人单位支付经济补偿金若干元。这里的问题在于，根据“不告不理”的民事诉讼基本原则，法院的审理是依据原告（用人单位）的起诉而进行，对于原告并未起诉的仲裁裁决内容，则不在法院审理范围内。在仲裁裁决结果为用人单位履行多项给付义务时，这导致已经被仲裁裁决所支持而当事人双方均无异议的部分裁决内容因裁决书的无效，而无法得到执行。
在仲裁裁决之后劳动者一方不服而起诉时也经常出现这样的问题。在实践当中，有的劳动者只是对裁决中的部分事项不服，而起诉时只将不服的部分仲裁裁决内容列为诉讼请求，法院固然也只是针对劳动者的诉讼请求进行审理和判决，不论法院是否支持其诉讼请求，已经被仲裁裁决所支持的部分事项因裁决书的无效而变为一只空文，劳动者要求用人单位履行其未起诉部分的裁决事项也没有有效的裁判文书。
《劳动争议仲裁调解法》及《劳动合同法》等对相关问题的规定并不完善，在起诉后仲裁裁决即不生效的规定及“不诉不理”基本原则的制约下，劳动者容易陷入被动不利的局面。特别是仲裁裁决之后，劳动者对裁决结果并无异议因而未起诉，而用人单位因对多项裁决内容中的某一项不服（如加班费），在收到裁决书十五日内提起诉讼。在法院审理过程中，认为劳动者主张（加班费）依据不足，而判决用人单位不支付加班费。事实上双方对于加班费之外的其他项仲裁裁决内容（如经济补偿金、工资等）并无异议，判决生效之后，劳动者要求用人单位支付仲裁裁决所支持的如经济补偿金、工资等时，若用人单位拒绝，则劳动者就陷入没有合法有效的执行依据的困境，因为仲裁裁决不生效，而法院判决书只对加班费进行判决。这显然不利于对劳动者合法权益的保护。
2、法院审理过程中可能会产生的问题。
不仅仅是当事人对上述问题容易产生误解，少数法官在审理这类案件时也会犯错，比如说如果劳动者及用人单位均对仲裁裁决不服而起诉，虽起诉立案时是两个独立的案件，但法院也应当合并审理（劳动者与用人单位互为原、被告），做出一份判决书。而有的法官却错误地将两案分开审理并做出两份判决书，更大的错误是判决结果存在冲突。举例说明，仲裁裁决用人单位支付加班费5000元，用人单位不服起诉请求判决不支付加班费，劳动者不服起诉请求判决支付加班费10000元，法院错误地将两案分开审理，且两份判决书均判决“用人单位向劳动者支付加班费5000元”，显然两份判决完全重复，其审理程序违法。
1、处理方式上的差别。
①劳动仲裁的处理方式为：倾力调解，尽量协商一致。
②法院的处理方式为：尽管原则上也期望调解成功，但法官案件甚多，不会有太多时间拘泥于调解，出判决必须及时。
2、审案水平上的差别。
①劳动仲裁员的审案水平为：虽经过专门训练和考核，但法律水准上一般略逊于法官，其审案有时过于关注细枝末节，未必是案情的真正焦点。
②法官的审案水平为：经过严格考试、训练，深谙法律，审案时直接针对焦点问题，断案麻利。当然，不同人的差别是巨大的，不能一概而论。
3、举证的严格程度的要求不同。
①劳动仲裁举证的要求是：一般接受当庭举证、甚至庭后补交证据。
②法院举证的要求是：必须在举证期限届满前进行，否则，除非是新证据（符合法律上“新证据”的要求），不作为确定案件事实的依据。
4、事实认定上的侧重点不同。
①劳动仲裁事实认定的侧重点在于：以尽量调查真相，贴近客观事实为基础。所以举证即使过期，只要是事实，均会接受。
②法院事实认定的侧重点在于：效率与公正的结合，注重证据，以证据反映的“法律事实”为基础。
劳动争议仲裁时效，是指当事人因劳动争议纠纷要求保护其合法权利，必须在法定的期限内向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，否则，法律规定消灭其申请仲裁权利的一种时效制度。
2008年5月1日后受理的劳动争议案件适用《劳动争议调解仲裁法》劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。但对于2008年5月1日前发生的劳动争议案件，有关仲裁时效和起诉的规定及适用《劳动法》。《劳动法》关于仲裁时效规定于第八十二条:提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受规定的仲裁时效期间的限制;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
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