农村集体土地被依法征收后，应由当地的市、县国土资源局支付土地补偿费。《中华人民共和国土地管理法》实施条例第25条明确规定：“市、县人民政府土地行政主管部门根据经批准的征用土地方案，会同有关部门拟订征地补偿、安置方案，在被征用土地所在地的乡（镇）、村予以公告，听取被征用土地的农村集体经济组织和农民的意见。征地补偿、安置方案报市、县人民政府批准后，由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施。”及第26条：“土地补偿费归农村集体经济所有”的规定，土地补偿费的支付主体为市、县国土资源局，支付对象为农村集体经济组织。有的土地承包经营户要求当地政府或占地单位支付土地补偿费的要求是错误的，而且，应支付给农村集体经济组织。
（1）土地补偿费的归属纠纷。一般情况下，地上附着物及青苗补偿费的归属不易发生纠纷，容易引起纠纷的通常是土地补偿费的归属。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第26条第1款的规定，土地补偿费归农村集体经济组织所有。而根据《中华人民共和国土地管理法》第10条的规定，如果村内有两个以上集体经济组织，则它们之间就可能因征收补偿费的归属发生争议。
对于此种争议应如何解决，《土地管理法》及其《实施条例》并未做出明确规定。 农村集体经济组织与其成员间分配土地补偿金纠纷。农村集体经济组织与其成员间分配土地补偿金的纠纷是否属于司法审查的范围，法律法规没有明确规定。最高人民法院过去对此问题的复函、答复及立案庭意见也颇不一致。
（2）传统观念影响导致的分配权纠纷。调查显示：当前征地补偿费标准偏低，非常有限的补偿费用成为村民争夺的目标，每个人都想争得更多的补偿金，而排除他人参与分配，于是，借村民自治权利而剥夺他人的利益享有成为村民集体土地征用补偿费分配纠纷案件剧增的主要原因。对于嫁城女、入赘婿等能否享有分配权、享有多大分配权，因无明确的法律依据，在实践中各地各村依《中华人民共和国村民委员会组织法》在行使自治权中处理的结果相差很大，有的明确不能享有，有的限定满足一定条件才享有分配权，也有少数就给予分配权，但该分配权较同村组其他成员要小的多等，于是没有享有分配权或没有享有完全分配权的村民，以要求享有村民待遇为由，纷纷诉至法院，对该类案件因缺乏法律依据，在处理上随意性较大，很难使当事人服判息讼，往往导致越级上访或群体上访事件的发生。
户主变更。在家庭成员中，“第一轮”土地承包时为户主的父母到“第二轮”承包时大部分户主变更为子女，土地补偿费分配时又由户主到村民小组领取，这样部分子女与父母在赡养问题上发生纠纷，以致父母向子女追索土地补偿费。
（3）未被征用土地的户主争益。部分农户的土地未被征用，至村（居）民小组分配土地补偿费、房屋、土地补偿费的再生利益或利息时,以集体经济组织成员身份向村（居）民小组索取该利益，村（居）民小组实行差别待遇。
（4）其他：当事人认为其具有该集体经济组织成员资格，却被排除于分配范围之外而产生的纠纷。
既然法律已规定土地补偿费归农村集体经济组织所有，笔者认为有权参与分配的只能是集体经济组织成员。而认定集体经济组织成员的依据一般应以户籍为原则，但户籍又不是唯一依据。在第一种分配方式中，应注意区分如下几种情况：
1、为了分配土地补偿费，以不正当手段迁入户口，不应当认定其分配资格；
2、为了成就某种便利条件而将户口迁入，不应当认定其分配资格，如许多中、小学和幼儿园的就读条件中包括户口所在地，部分家长为子女择校而将子女的户口迁入亲戚处；
3、因在大中专院校就读而将户口迁出，其父母仍以集体经济组织的基本生产资料为经济生活保障，为确保其安心学习所必要的生活费用，应当认定其分配资格；
4、大中专院校毕业后又将户口迁回，已属居民户，且已在外工作，有生活来源，虽然未将户口迁至其工作所在地，但不应当以户口在本村认定其分配资格；
5、已嫁入的妇女，户口已迁入，应查明其娘家所在地是否已收回其责任田，如未收回，其作为农民的合法权益未被侵犯，不应当认定其分配资格；
6、确系本村新生人口，根据法律规定，人的民事权利能力始于出生，故不能以其户口手续未办好而拒绝发放，只要能够确认征地补偿费产生于其出生之后，就应当认定其分配资格。
针对第一种分配方式的其他主要纠纷，笔者认为：1、服刑人员的合法财产权利不受剥夺，不应当以其正在服刑为由拒绝发放；2、农村集体经济组织无权扣留村民的合法财产，确实存在其他纠纷应通过正当途径、合法程序解决。
对第二种分配方式的主要纠纷，笔者认为：承包人死亡后，继承人可继续承包经营责任田，但该责任田被征用后的补偿费，继承人只能分得青苗补偿费，土地补偿费应归农村集体经济组织所有，因为农村集体经济组织无须在征用已死亡的承包人的责任田后调整相应数量和质量的土地给已死亡的承包人或其继承人继续承包经营。根据法律规定，只有集体土地经营管理单位应当调整又未能调整其他数量和质量相当的土地给农民继续承包经营的，才应当将不少于百分之七十的土地补偿费支付给被征地农民。
每个地区有每个地区的征地补偿费标准，不能做具体说明，不过其计算方法有：
1、征用耕地的补偿费为该耕地被征用前三年平均年产值的6-10倍；征用其他土地的补偿费标准由省、自治区、直辖市参照征用耕地的补偿费标准，结合当地实际情况具体规定。属于有收益的非耕地的土地补偿费，可按该土地征用前三年平均年产值的3-6倍计算，征用无收益的耕地不予补偿。
2、征用人工鱼塘、养殖场、宅基地、果园及其它多年生经济作物的土地，按邻近耕地补偿标准计算。
3、征用城市郊区的菜地，用地单位应按国家有关规定缴纳新菜地开发建设基金。标准为：百万人口的城市，每征用一亩菜地，缴纳7000-10000元；50万以上不足百万人口的城市每征用一亩地，缴纳5000-7000元；不足10万人口的城市，每征用一亩菜地，缴纳3000-5000元。各省、自治区、直辖市根据以上标准，确定自己的标准，但不得超出以上标准限额。
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