实践工程款结算纠纷处理过程中，通常存在的纠纷案由主要有以下几方面问题。
(一)工程量纷争
工程量纷争一般与工程合同生效后的工程量增加有直接关系，但是这一类工程量增加未能做出及时的数据记录。并且也有很大可能是其未能与三方参建单位进行联系沟通，如隐蔽工程的工程量很容易被忽视，如果记录、处理、交流不及时，很肯能让发包商提出质疑。
(二)竣工决算时间的争议
建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，经发包方审核达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程“竣工”。“竣工”在实际执行过程中的情况比建设工程承包合同的“竣工”要复杂得多。承包方往往认为合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有“竣工”为理由，而拒收承包方的决算报告，发包方就以“决算不成熟”为由拒付工程款。
(三)合同违约的争议
无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。
(四)材料价格市场波动的问题
工程项目在投标阶段一般会考虑建筑原材料价格5%一10%左右的涨幅度，但受材料市场价格波动影响，某些诸如钢材、涂料等原材的价格上涨幅度会受到影响，上涨程度涨至超出正常预算价格的三十个百分点以上，面对这三十个百分点的剧烈价格波动，如果未能与发包单位协商意见取得一致，就会引发工程款结算问题的矛盾纠纷。
(五)总包和分包争议
所谓分包是指，总承包商与建设单位进行商议，取得对方批复后委托一批专业劳务单位进行相关责任分工。如果此时分包全额工程款已经结算处理完毕，发生争端的几率或可能性就会降低。但是，如果这时发包一方只展开了部分结算，则很容易促成总包单位与分包单位之间引起争执。除此之外，两者之间除了结算工程款外，还有可能在管理费上出现争执。同时，建设单位如果在争端已经发生时也参与进来，暗示某一方单位，此纠纷事件的处理必然会更加繁复。
(六)尾款相关争议
工程项目待到竣工交付后，经济成本承包责任人应当履行合同的条款要求对工程进行保修。而为了确保合同下的承包单位能够履行自身义务，发包一方一般会在此阶段预先交付大部分的工程款，目的是为了让承包单位履行维修义务后在交付剩余款额。而这一阶段之所以出现争端。是工程投产运营前后保修义务未尽到而引起的。
建筑工程是为新建、改建或扩建房屋建筑物和附属构筑物设施所进行的规划、勘察、设计和施工、竣工等各项技术工作和完成的工程实体以及现代大厦建筑工程与其配套的线路、管道、设备的安装工程。也指各种房屋、建筑物的建造工程，又称建筑工作量。这部分投资额必须兴工动料，通过施工活动才能实现。
其中“房屋建筑物”的建造工程包括厂房、剧院、旅馆、商店、学校、医院和住宅等，其新建、改建或扩建必须兴工动料，通过施工活动才能实现;“附属构筑物设施”指与房屋建筑配套的水塔、自行车棚、水池等。“线路、管道、设备的安装”指与房屋建筑及其附属设施相配套的电气、给排水、暖通、通信、智能化、电梯等线路、管道、设备的安装活动。
房屋建筑工程施工总承包企业资质等级标准房屋建筑工程施工总承包企业资质分为特级、一级、二级、三级。
特级资质标准：
1、企业注册资本金3亿元以上。
2、企业净资产3.6亿元以上。
3、企业近3年年平均工程结算收入15亿元以上。
4、企业其他条件均达到一级资质标准。
一级资质标准：
1、企业近5年承担过下列6项中的4项以上工程的施工总承包或主体工程承包，工程质量合格。
(1)25层以上的房屋建筑工程；
(2)高度100米以上的构筑物或建筑物；
(3)单体建筑面积3万平方米以上的房屋建筑工程；
(4)单跨跨度30米以上的房屋建筑工程；
(5)建筑面积10万平方米以上的住宅小区或建筑群体；
(6)单项建安合同额1亿元以上的房屋建筑工程。
2、企业经理具有10年以上从事工程管理工作经历或具有高级职称；总工程师具有10年以上从事建筑施工技术管理工作经历并具有本专业高级职称;总会计师具有高级会计职称；总经济师具有高级职称。企业有职称的工程技术和经济管理人员不少于300人，其中工程技术人员不少于200人；工程技术人员中，具有高级职称的人员不少于10人，具有中级职称的人员不少于60人。企业具有的一级资质项目经理不少于12人。
3、企业注册资本金5000万元以上，企业净资产6000万元以上。
4、企业近3年最高年工程结算收入2亿元以上。
5、企业具有与承包工程范围相适应的施工机械和质量检测设备。
二级资质标准：
(1)12层以上的房屋建筑工程；
(2)高度50米以上的构筑物或建筑物；
(3)单体建筑面积1万平方米以上的房屋建筑工程；
(4)单跨跨度21米以上的房屋建筑工程；
(5)建筑面积5万平方米以上的住宅小区或建筑群体；
(6)单项建安合同额3000万元以上的房屋建筑工程。
企业经理具有8年以上从事工程管理工作经历或具有中级以上职称;技术负贪人具有8年以上从事建筑施工技术管理工作经历并具有本专业高级职称；财务负责人具有中级以上会计职称。企业有职称的工程技术和经济管理人员不少于150人，其中工程技术人员不少于100人；工程技术人员中3具有高级职称的人员不少于2人，具有中级职称的人员不少于20人。企业具有的二级资质以上项目经理不少于12人。
企业注册资本金2000万元以上，企业净资产2500万元以上。
企业近3年最高年工程结算收入8000万元以上。
企业具有与承包工程范围相适应的施工机械和质量检测设备。
《建筑法》第二十六条 承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。
禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。
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