1.主体不同。
行政赔偿是国家向公民个人承担的赔偿责任，形成的是国家与公民之间的法律关系;而民事赔偿责任是公民个人向公民个人承担的赔偿责任，形成的是公民与公民之间的法律关系。
2.原因不同。
行政赔偿的原因所行政侵权行为，而民事赔偿的原因是民事侵权行为。行政侵权行为所行政机关及其工作人员在行使职权过程中实施的侵害公民合法权益的行为，是国家权力的作用;而民事侵权行为既没有“行政机关及其工作人员”这一主体方面的限制，也没有“行使职权过程中”这一限制。
3.范围不同。
民事赔偿的范围大于行政赔偿的范围。行政赔偿的原因行为、损害的范围由国家赔偿法作了限制，国家并不对所有的侵权行为都承担赔偿责任，也不对行政侵权行为所造成的所有损害都要赔偿，而只赔偿行政侵权行为对人身权和财产权造成的最低限度的直接损害。与此不同，民事赔偿存在于所有的民事侵权行为，民事侵权行为人不但要全额赔偿给受害人的各种合法权益造成的直接损害，而且要赔偿一定的可得利益的损失即赔偿间接损失。
4.归责原则不同。
民事赔偿责任的归责原则以过错责任原则为主、危险责任原则为辅，而行政赔偿责任的归责原则多种多样，有的国家实行过错责任原则，有的国家实行公务过错责任原则，有的国家实行违法原则。
5.程序不同。
解决民事赔偿纠纷的程序是仲裁、民事诉讼，而解决行政赔偿争议的程序是行政处理程序、行政复议程序和行政诉讼程序。
6.依据不同。
行政赔偿是指行政主体违法实施行政行为，侵犯相对人合法权益造成损害时由国家承担的一种赔偿责任。
只有行政主体才享有行政权，才能实施行政行为，才能构成行政赔偿。当然行政主体是由行政人员组成，行政行为是经行政人员作出。因此，行政主体往往具体化为有关的行政人员。没有行政主体，就不能构成行政赔偿。司法机关作为司法权主体，行政机关作为机关法人、行政人员作为公民等而引起的赔偿，都不是行政赔偿。
只有违法行政行为才能构成行政赔偿，合法行政行为不能构成行政赔偿。行政赔偿仅以客观上行政行为违法为要件，而不以行政主体主观上是否有过错为要件。
行政赔偿诉讼，是指公民、法人或者其他组织认为其合法权益受到行政机关及其工作人员违法行使职权的侵害，依法向人民法院提起诉讼，人民法院根据赔偿请求人的诉讼请求，适用《行政诉讼法》的一般规定以及《国家赔偿法》的特别规定及有关司法解释，裁判赔偿争议的活动。
我国《行政诉讼法》第六十七条规定：赔偿诉讼可以适用调解。
行政赔偿诉讼适用调解，就是人民法院可以在双方当事人之间作协商、调和工作，促使双方相互谅解，以达成赔偿协议。受害人和赔偿义务机关达成协议，应当制作行政赔偿调解书。行政赔偿调解书应当写明赔偿请求、案件事实和调解结果，应由审判人员、书记员署名，加盖人民法院印章，送达双方当事人，调解书以双方当事人签收后，即具有法律效力。
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