1、工程量之争。
土建工程的工程量之争主要集中在合同生效后增加的工程量及对隐蔽工程的详细数据未做三方(发包方、承包方与监理公司)签字的记录，仅凭承包方施工日记进行结算，发包方提出异议。安装工程的工程量之争，主要集中在隐蔽在墙体中的管线铺设记录与确认问题。
2、计费系数之争。
该争议主要是由于承包方资质变更或者施工队属于挂靠单位或者承包方由不同资质的单位合作组成，资质之争表现在结算领域就是计费系数之争。
3、大型机械租赁费用的计费之争。
许多建设工程需要承包方对外租赁大型机械设备，例如台搬等。按照建筑行业惯例，这些大型机械的租金应该在工程款外另行计费，特别是为了赶工期时，更是如此。承包人租赁时一般有说明，发包方为赶工期也不否认，但进行工程结算时发包方总觉得在合同款外另行支付设备租金不合算，认为承包方使用的机械应该由承包方自行负责，总找理由拒付。
4、竣工决算时间之争。
建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，然后报经发包方审核，达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程“竣工”。“竣工”这一概念在建设工程领域本来是一个无争议的技术概念，即合同项下的工程量已完成。但笔者发现许多发包方或者过分谨慎或者出于其他难以言表的目的引进商品房买卖领域的“竣工”概念，添加了“项目验收”或“综合验收”的内涵。众所周知，商品房买卖合同中的房地产“竣工”是一个法律概念，比建设工程承包合同的“竣工”要复杂得多。例如土建工程的工程内容只包括外围框架工程，但商品房买卖合同中，哪怕最低要求的“竣工”，除外围框架结构外，还必须包括内装修、即水电到户与设计间隔等，如果使用综合验收的标准就更复杂了，除上述要求外，还包括小区配置及消防验收。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的“竣工”概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有“竣工”为理由，而拒收承包方的决算报告。因为“决算不成熟”，当然也就可以堂而皇之地拒付工程款了。
5、违约之争。
无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件(如施工现场未能通水、通电、通路等)、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工、窝工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。
6、建筑材料品质之争。
建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，因此引起结算纠纷是不可避免的。2003年上半年，由于国际市场的剧烈变动，建筑材料如钢材价格大幅度上涨，有的涨幅高达40%。而承包方进行建设工程投标时一般只考虑了5%的价格上涨幅度，最多不会超过10%。面对40%的涨幅，如果发包方与承包方未能达成谅解(或者提高工程款或者工程延期等待建材市场价格回落)，承包方就只能寻找低品质的替代品。最后因建筑材料品质引发工程款结算纠纷。
7、总包与分包之争。
由于现代社会的分工越来越细，实际上一个大型建设工程难以由单一的总承包商完成，而且有些劳务作业需要大量的人力，也无法由总承包公司独立完成。因此，总承包单位承揽建设项目后经建设单位同意，一般都会将其中的专业工程和劳务作业分包相应的分包单位。如果发包方就全额工程款结算完毕，则发生结算争议的可能性较小，如果发包方只进行部分结算，则很容易酿成总承包单位与分包单位的争议。而且总承包单位与分包单位之间除工程款结算外，还存在着管理费之争。如果建设单位参与指定或者暗示分包单位，则引起的工程款结算纠纷会更复杂。这类纠纷在建设工程领域比较普遍，2004年2月3日，建设部还特别颁布《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》加以特别调整。
8、5%尾款之争。
建设工程竣工移交后，承包人按照合同要求应在一年内进行保修。为了保证承包方履行保修义务，发包方一般在合同中约定工程款支付95%工程款后，余下5%工程款留待一年保修期满后再行支付。有的合同采取工程款先付，由承包方另行出具5%工程款的银行保函加以保证。5%尾款争议的原因在于承包人是否在保修期内适当履行了保修义务。
(1)和解。和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。和解是当事人自由选择的在自愿原则下解决台同纠纷的方式，而不是合同纠纷解决的必经程序。当事人也可以不经协商和解而直接选择其他解决纠纷的途径。
(2)调解。凋解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。调解有两种方式一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。主要特指工商行政管理机关居中对合同当事人的纠纷进行调解。申请行政调解的纠纷必须具备以下条件：申请人必须是与本案有直接利害关系的当事人，有明确的被申请人、具体的调解请求和事实根据;符合工商行政管理机关受理案件范围的规定。但已经向人民法院起诉的或者已经向仲裁机构申请裁的。从及一方要求调解另一方不同意调解的，调解申请不于受理。 双方当事人接受调解达成协议的，应当制作调解协议书，当事人即应当按照调解协议书履行各自的义务。由于调解协议书不具有法律强制力，一方当事人不履行的，对方当事人不能就此请求人民法院强制执行，但可以采用其他方式来解决争议。
(3)仲裁。仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。仲裁具有“准司法”性质，仲裁机构作出的仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。
(4)诉讼。诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。这是解决合同纠纷的最常见方式。合同纠纷经人民法院审理并作出判决后，当事人对人民法院作出的发生法律效力的判决书，调解书必须履行，拒不履行的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。
1、当事人诉讼主体资格的证据
本类证据大致是双方的工商登记资料，如营业执照或工商查询资料，若涉及起诉时双方企业名称与原签订合同时不一致的，还应提交证明双方名称变更的证据。
2、证明建设工程合同关系成立的证据
本类证据主要是建设工程施工合同、施工过程中增减工程量的补充合同(或协议、备忘录、现场工程签证单等)。本律师在代理上述案件中提交了招标文件、中标通知书、建设工程施工合同，证明双方建立的建设工程施工法律关系。
3、证明建设工程合同履行情况的证据
（1）工程预、决算报告；
（2）支付工程款的付(收)款凭证；
（3）当事人对工程量、工程质量共同确认的证据，如工程验收、结算凭证，质检报告等。
4、提交诉讼请求的计算依据
因建设单位拖欠工程款，施工单位在起诉时可依据《建设工程施工合同》的约定要求对方承担违约金；若合同没有违约金条款，可要求对方支付一定金额的逾期付款利息，对此，最高人民法院司法解释有规定。施工单位在起诉时，应向人民法院提供有关诉讼请求金额的计算方法及计算清单。
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