(一)补偿标准低
土地管理法规定补偿费是按照土地被征收前三年平均年产值的若干倍来测算的，这种测算方法是否科学有待商榷。且该法对被征收土地上的农民房屋仅作为附着物对待，并将补偿标准授权由省、自治区、直辖市具体规定。而有的省、自治区、直辖市人民政府违反立法法的规定，没有严格按照授权目的行使该项权力，将该授权给下级行政机关，下级行政机关为了减少土地储存成本，维护地方政府利益，通常将补偿标准规定较低。
(二)随意性大
在农民房屋拆迁补偿纠纷案件中，有的拆迁人暗箱操作，与被拆迁农户签订拆迁安置补偿协议严重缺少公开、公平性，对同样被拆迁农户的房屋，在同等的条件下，得到的安置补偿结果不一样;另外，有的农村集体经济组织依法收回土地使用权的补偿标准，交由村民会议按照民主议定程序决定，补偿标准随意性大。
(三)拆迁协议凸显家事代理性
在农村，集体土地上的房屋一般仅办理了集体土地使用权证，而未办理房屋所有权证。有不少拆迁补偿协议不是与被拆迁房屋所有人和宅基地使用权人(或户主)订立的，而是在本人未签字或授权的情况下，由享有家庭共同财产权的其他家庭成员以自己名义与拆迁人订立拆迁补偿协议，此类拆迁协议往往在一定程度上表现为家事代理的性质。
(四)处理难度大
1、案情复杂
农民房屋拆迁纠纷案件拆迁主体间的权利义务纵横交错，其中有拆迁人与被拆迁农户的补偿安置关系，有被拆迁农户与承租人的腾房关系，拆迁人与委托拆迁部门之间的委托关系，还有房屋拆迁主管部门与被拆迁农户、拆迁人之间的行政管理关系等，由此形成案情错综复杂。
2、群体性纠纷多，社会影响大
由于城市发展和旧城改造建设中，多为集体拆迁或片区拆迁，虽然被拆迁农户的情况千差万别，但各被拆迁户要求得到合理的安置补偿等方面的利益是一致的，这一共同利益使各被拆迁户结成一个个小的群体，一旦与被拆迁农户发生纠纷，就容易发生群体性上访、静坐等事件，社会影响大。
3、息诉工作难做
此类纠纷诉至法院，往往是拆迁人与被拆迁农户之间的矛盾纠纷达到不可调和的程度，且司法实践中，由于此类案件缺乏具体的法律依据，认识不尽一致，导致当事人对法院判决和认可度大受影响，极有可能反复缠诉，不利于双方矛盾纠纷的彻底解决，已成为当前当事人涉法信访案件的重点。
