人事争议仲裁与劳动争议仲裁，都是职工或聘任制公务员、用人单位将其发生的劳动(人事)争议提交劳动(人事)争议仲裁委员会，由其依法作出对双方当事人都有约束力的裁决。
但是，两种仲裁在很多方面不同。
首先，受理案件范围不同。根据我国《公务员法》和1997年8月8日人事部发布的《人事争议处理暂行规定》，人事争议仲裁委员会的受案范围包括：国家行政机关与工作人员之间因录用、调动、履行聘任合同发生的争议，事业单位与工作人员之间因辞职、辞退以及履行聘任合同或聘用合同发生的争议，企业单位与管理人员和专业技术人员之间因履行聘任合同或聘用合同发生的争议。根据我国《劳动法》和1993年7月6日国务院发布的《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》的规定，劳动争议仲裁委员会的受案范围包括：因企业开除、除名、辞退职工和职工辞职、自动离职发生的争议，因执行国家有关工资、保险、福利、培训、劳动保护的规定发生的争议，因履行劳动合同、集体合同发生的争议。
其次，对案件的管辖不同。人事争议仲裁案件管辖，以级别管辖为主，以属地管辖为辅。劳动争议案件管辖，以属地管辖为主，以级别管辖(或特殊管辖)为辅。劳动争议双方当事人不在同一地区的，由职工当事人工资关系所在地的劳动争议仲裁委员会处理。
最后，适用的法律及处理程序不尽相同。处理人事争议案件，除事业单位与其工作人员因辞职、辞退及履行聘用合同发生争议适用劳动法外，其他争议均按人事法律法规处理。处理劳动争议案件，则适用劳动法律法规。处理程序上，当事人应当在人事争议发生后，以书面形式向人事争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁庭处理人事争议应先行调解，调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书;调解未达成协议的，仲裁庭应当及时仲裁。当事人对仲裁裁决不服，属于人民法院受案范围的，也可依法向人们法院提起诉讼。劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解;调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
