2001年，最高人民法院颁发的《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第3条规定：“劳动争议仲裁委员会根据《劳动法》第八十二条之规定，以当事人的仲裁申请超过六十日期限为由，作出不予受理的书面裁决、决定或者通知，当事人不服，依法向人民法院起诉的，人民法院应当受理;对确已超过仲裁申请期限，又无不可抗力或者其他正当理由的，依法驳回其诉讼请求。”这就意味着当事人发生劳动争议后，在未受不可抗力或其他正当理由影响下，没有在60天内申请仲裁，就丧失了进入司法程序解决纠纷的机会。2004年，温州市中级人民法院认为此解释违反了司法终局裁决的原则，且与诉讼时效规定相冲突。于是向全国人大常委会内司委提交修改建议。确实，已有大量当事人因超过此期限而败诉，此时效制度引起越来越多的人的质疑，笔者也认为应当尽快修改。理由主要有：
一、申请仲裁时效期限的起算点模糊
从事律师工作的学生曾经抱怨《劳动法》对提起仲裁的时效期限规定过短。因其第82条规定：“提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起六十日内，以书面形式向仲裁委员会申请仲裁。”可是，如果某公司故意拖欠工人工资达半年之久，早已过了时效期限，而劳动争议仲裁又是诉讼的前置程序，难道工人的权利就这样不受保护了吗?笔者认为，“劳动争议发生之日”不同于“当事人权益受到侵害之日”。尽管原劳动部《关于劳动法若干条文的说明》(劳办发〔1994〕289号)对《劳动法》第82条的解释为：“本条中的劳动争议发生之日，指当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日。”实际上，后者是《劳动争议处理条例》规定的时效期限起算点。
分析一下欠薪争议，即可看出二者的区别。用人单位在合同约定的发薪日未发薪，次日即是“当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日”，按照《劳动争议处理条例》的规定，申请仲裁的时效即开始起算。但是用人单位拖欠工资的行为，不一定当即引发劳动争议，因为存在劳动者谅解或出于无奈而有所期待的可能性。劳动争议发生之日应从劳动者不再谅解，要求补发工资而遭到拒绝之日或用人单位承诺另行支付劳动报酬的期限已到仍未支付之日起计算。如此计算，《劳动法》规定的60日时效期限有可能长于普通民事诉讼2年的时效期限。
依据“上位阶的法优于下位阶的法”、在同一位阶的法中，“新法优于旧法”的原理，应当理解为自1995年1月1日《劳动法》实施之日起，国务院于1993年发布的《企业劳动争议处理条例》第23条之规定因与《劳动法》第82条之规定相抵触而自然废止。“注意期限的起算点是劳动争议发生之日，如果仅有企业拖欠职工工资的事实，但双方并无争议，则不发生60日期限的起算问题……如果经审查，发现当事人的仲裁申请是在发生争议之日起60日内提出的，属于仲裁部门决定有误，人民法院应当依法进行案件的实体审理。”原劳动部的解释将两个申请仲裁时效的起算点划了等号，已经引起了适用的混乱，应当予以澄清。
