对于用人单位向劳动者支付的经济补偿金能否扣除个人所得税的问题，《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》（财税〔2001〕57号）规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用），其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》（国税发〔1999〕178号）的有关规定，计算征收个人所得税。
《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》规定如下：
（1）对于个人因解除劳动合同而取得一次性经济补偿收入，应按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。
（2）考虑到个人所得一次性经济补偿收入数额较大，而且被解聘的人员可能在一段时间内没有固定收入，因此，对于个人所得税的一次性经济补偿收入，可视为一次取得数月的工资、薪金收入，允许在一定期限内进行平均。具体平均为：以个人所得的一次性经济补偿收入，除以个人在本企业的工作年限数，以其商数作为个人的月工资、薪金收入按照税法规定计算缴纳个人所得税。个人在本企业的工作年限数按实际工作年限数计算，超过12年的按12年计算。
（3）按照上述方法计算的个人一次性经济补偿收入应纳的个人所得税税款，由支付单位在支付时一次性代扣，并于次月7日内缴入国库。
（4）个人按国家和地方政府规定比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险金、基本养老保险金、失业保险基金在计税时应予以扣除。
（5）个人在解除劳动合同后又再次任职、受雇的，对个人已缴纳个人所得税的一次性经济补偿收入，不再与再次任职、受雇的工资、薪金所得合并计算补缴个人所得税。
【操作指引】如何理解一次性补偿收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税?比如某地区上年职工年平均工资为30000元，则劳动者获得的经济补偿金在90000元内可免征个人所得税，注意这里是上年职工平均工资3倍而非上年职工月平均工资3倍，一字之差，结果截然不同。
在双方签订合同之后，一旦在合同时间内解除了合约，也许合同内也规定了，需要付一定的违约金进来赔偿。因为对于用人单位来说，合同时限没到就解除合同会造成一定的损失。如果非法解除劳动合同赔偿金个人所得税也是需要付的，当然也可以通过法律合法解除合同。
根据财政部、国家税务总局2001年颁布的《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用），其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》（国税发〔1999〕178 号）的有关规定，计算征收个人所得税。所以如果在计算经济补偿金时按照税后工资计算，就存在重复征税的问题。所以认为认为经济补偿金应当以税前工资为标准计算。
（一）用人单位依法解除劳动合同
1、协商解除经济补偿金=工作年限×月工资（超过12年的，按12年算）
2、因病或非因工伤解除经济补偿金=工作年限×月工资+医疗补助费（不低于6个月工资，重病加50%，绝症加100%）
3、不能胜任解除经济补偿金=工作年限×月工资（超过12年的，按12年算）
4、客观变化经济补偿金=工作年限×月工资
5、经济裁员经济补偿金=工作年限×月工资
6、逾期给付经济补偿金=原经济补偿金+额外经济补偿金（原经济补偿金的50%）
（二）用人单位不支付经济补偿金的赔偿金
赔偿金=经济补偿金总和×N=工作年限×月工资×（1+50%）×N（1
（三）因用人单位不订合同或合同无效赔偿金，违法解除合同赔偿金1= 应得工资收入×25%赔偿金2= 医疗费用×25%
劳动者解除劳动合同的经济赔偿金工资标准计算及依据
（1）违法解除赔偿金=录用费用+培训费用+直接经济损失+约定的其他赔偿费用
（2）劳动者违反保密条款赔偿金=被侵害的经营者的损失（或侵权人因侵权获得的利润）+合理的调查费用
通过上文找法网小编对于解除合同赔偿金的个人所得税的介绍，我们可以知道与用人单位签订了劳动合同，因解除劳动关系而取得的一次性补偿，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征解除劳动合同经济补偿金个人所得税。如果您还有其他的法律问题欢迎咨询找法网律师。
