《合同法》颁布后，我国涉外合同的首要问题是法律适用原则如何具体运用。换句话说，就是原《解答》能否继续适用以及不能适用时如何重新作出解释。并且，对于原《解答》没有涉及而现实存在的问题也可在新的司法解释中作出明确规定，这个问题将直接影响到我国涉外合同的法律适用。
我国关于合同的成立，在《合同法》出台以前，依据“涉外合同的当事人可以选择处理合同争议所适用的法律……”;而《解答》对“合同争议”解释为 “凡是双方当事人对合同是否成立、合同成立的时间、合同内容的解释、合同的履行、违约的责任，以及合同的变更、中止、转让、解除、终止等发生的争议，均应包括在内”;就是说，合同的成立应当以当事人选择的法律确定。同时，《涉外经济合同法》第4条规定：“订立合同，必须遵守中华人民共和国法律”，第7条规定：“当事人就合同条款以书面形式达成协议并签字，即为合同成立。”第16条规定：“合同依法成立，即具有法律约束力”，依照这三条的规定，合同的成立应该以中国法律确定，涉外经济合同法的规定在这里似乎发生了矛盾。
参看当年的实务是如何处理的：最高人民法院94年曾有一个案例，是日本与香港两公司共同在中国设立企业的合资合同纠纷，双方未选择合同适用的法律，法院审理时，首先依据《涉外经济合同法》第16条确认合同有效，是在未确定合同适用法律的情况下，直接依据中国法律确认合同的有效成立。因当时香港未收回，不能依据《中华人民共和国中外合资企业法》直接适用中国法律，而应依据冲突规范确定合同的法律适用。但法院显然没有考虑《解答》对“合同争议”的理解，而是把涉外合同首先看作一个国内合同，这样就忽视了涉外合同可能适用外国法的特殊性。
新《合同法》颁布后，依据第25条规定：“承诺生效时合同成立。”第44条第1款的规定“依法成立的合同，自成立时生效。”第126条规定“涉外合同的当事人可以选择处理合同争议所适用的法律……”。如果按照原《解答》对合同争议的解释，依据特殊法律优于一般法律的原则，涉外合同的成立应该依据该合同本应适用的法律确定。但是，鉴于《解答》关于“合同争议”对合同成立的解释在实务中的矛盾，应该进一步明确涉外合同的成立应适用的法律。
另一个问题是如何看待默示的意思自治，到底它是不是当事人的选择，是否应该受到尊重，它直接关系到适用意思自治原则与最密切联系原则的结合点。与此类似，有一个经常发生的问题是当事人对仲裁选择的有效性。依据我国《仲裁法》第16条的规定“仲裁协议应当具有下列内容：(一)请求仲裁的意思表示;(二)仲裁事项;(三)选定的仲裁委员会。”实务中法院对这些内容的审查过于死板，限制了当事人对仲裁的选择权，既有违当事人的真实意思表示，又不利于我国仲裁事业的发展。
还有一个问题是管辖权对选择准据法的影响。另外，外国法的适用与查明也是很值得探讨的。
