《农产品质量安全法》第二十二条规定，县级以上人民政府农业行政主管部门应当加强对农业投入品使用的管理和指导，建立健全农业投入品的安全使用制度。
农业投入品安全使用制度是指规范农产品生产活动中使用的农业投入品种类、数量、质量和方法的制度。这是一项既保障农产品质量安全又保护人类健康、动植物卫生和生态环境的制度。
首先，要明确农产品生产者是农业投入品安全使用的直接责任人。县级以上人民政府农业行政主管部门不仅要加强对农业投入品使用者的指导，而且要加强对农业投入品使用者的管理。对于不按照规定使用农业投入品的，要批评教育，监督整改;对于教育不改的，要依法作出处理。
同时，要强化农业投入品销售者的责任，禁止以次充好、以假充真、以不合格产品冒充合格产品，以及生产和销售国家明令淘汰的农业投入品现象的发生。一旦出现假冒伪劣农业投入品行为，就要采取果断措施，依法予以严惩，净化农业投入品使用环境，保障农产品安全生产。
农业投入品安全使用的管理、指导和制度建设是县级以上人民政府农业行政主管部门的责任和义务，应当认真履行法律赋予的责任和义务，采取切实可行的政策和措施，会同工商、质检、公安等部门，严格把好农业投入品的生产关、经营销售关、使用关，对农业投入品的生产、经营和使用进行全方位的监控。
建立健全农业投入品安全使用制度，当前主要应做好以下工作：
一是搞技术培训，使农民掌握并遵循安全生产技术规程，科学选用农作物和动物品种，合理施用农药、肥料、兽药、饲料和饲料添加剂，安全使用农产品播种、收获、捕捞、屠宰等农业活动器具，提倡科学交替、轮换使用农药和兽药;
二是做好法律法规和国家禁止、限用和淘汰的农业投入品目录和范围的宣传工作，确保广大农产品生产企业、农民专业合作经济组织和农民知晓国家的相关法律法规及相关禁令;
三是加强农产品质量安全标准制定、修订工作，按标准组织生产经营和实行规范化管理，从根本上杜绝无标生产、无标流通、无标监管的现象;
四是加强科学研究，培育产量高、质量优、抗性强、效益高的农作物和动物新品种，加紧研发高效、低毒、低残留的农药、兽药，努力提高肥料、饲料和农业用水的利用率;[page]
五是加强对农业投入品安全使用的监管，依法查处使用国家明令淘汰的和禁用的农业投入品和其他禁用产品如“瘦肉精”的违法行为。
