会计机构的设置要坚持实事求是，精简节约的原则，做到既能保证工作质量，满足工作需要，又能节约人力、物力和财力。按照《会计法》规定，凡是实行独立核算的企业都要根据会计业务的需要设置会计机构，或者在有关机构中设置会计岗位，并指定会计人员。不具备条件的，可以委托经批准设立的会计咨询、服务机构进行代理记账。
大中型企业、事业单位和业务主管部门可以设置总会计师。总会计师由具有会计师以上专业技术任职资格的人员担任。
商业会计的内部组织形式是由企业的规模和它的任务决定的，一般分为独立核算单位、半独立核算单位和简易核算单位。
(一)独立核算
企业实行独立核算必须具备一定的条件：在财力上有一定的自有资金，单独在银行开设账户，对自有资金有独立的支配权和使用权;在会计上能全面地记账、结算，单独计算盈亏，并定期编制财务报表;在经营上有独立的自主经营权。独立核算单位可以分为集中核算和分散核算两种。集中核算是指账务工作全部在会计部门进行，包括制证、记账和编制会计报表。会计部门以外的业务、储运、总务或分支机构只对其发生的经济业务填制原始凭证，定期送会计部门审核制证或结算记账。其优点是减少核算环节，简化核算手续，有利于及时掌握全面经营情况和精简人员，一般适应于中、小型企业。分散核算是指企业的其他部门或分支机构，在会计部门指导下，实行半独立核算或简易核算，其优点是便于发挥基层单位的作用。
(二)半独立核算
半独立核算是指独立核算企业所属的业务单位，其规模比较大，在业务经营和成本费用的管理上有一定的独立性，但不具备完全独立核算的某些必要条件，如没有独立的资金，不能在银行开户等。这些单位的会计人员可以单独编制会计凭证，单独记账和编制会计报表，然后报会计部门汇总，对外结算则通过会计部门办理。企业内部的二级经营单位，如大中型批发企业的业务部，大中型零售企业的门市部、分销店，通常采用这种核算形式。其优点是部门责任人能及时掌握部门的经营情况和经营成果。
(三)简易核算
简易核算是指不独立核算的企业部门或柜组，由兼职或专职核算员对本部门或本柜组的直接有关的经济指标进行简易核算，对全部交易单证和结算凭证，则报送主管财会部门进行会计核算。如零售企业的柜组，一般在定额的基础上核算销货额、销货毛利、商品库存以及直接与柜组有关的费用支出等指标，以考核本柜组的经营成果。
