目前我国社会上还普遍存在着对自然垄断与行政垄断、行政性垄断认识模糊不清的问题。很多人将行政垄断、行政性垄断与自然垄断混为一谈。 这不仅影响国家相关政策的实施，而且严重影响了我国的产业改革。
自然垄断与行政性垄断的区别比较明显，主要有：(1)产生的原因不同。自然垄断的产生原因主要在于经济效率或者效益，而行政性垄断则是行政机关或者其授权的组织滥用行政权力所造成的；(2)法律性质不同。自然垄断由于它存在相当的积极性，大多数国家在立法上给予其豁免肯定它的合法地位。行政性垄断是我国经济体制转轨时期的特殊产物，其本质是借行政权力行市场行为，它违背了依法行政原则，因此是非法的；(3)影响不同。自然垄断往往带来效率经济增加社会总体福利，而行政性垄断则不仅容易导致行政腐败的出现，更会造成市场竞争机制的扭曲。
由于自然垄断与行政垄断在形式上具有某些相似性，因此二者的区别并不是那么的直接明朗，但形式的某些相同并不能完全掩盖他们的区别。自然垄断与行政垄断还是存在很多的区别，例如：(1)从概念上讲，自然垄断是由于市场的自然条件而产生的垄断，经营这些部门如果进行竞争，则可能导致社会资源的浪费或者市场秩序的混乱；行政垄断，又称国家垄断，它是指国家从有利于国民经济全局发展的目的出发，对某些部门和国有自然资源实行独占。(2)从产生的主导因素上讲，自然垄断主要在于经济效益；行政垄断主要并不在于经济效益而或在于安全如军工业或在于对资源的控制需要如烟草行业等其它因素。(3)从经济运行上看，自然垄断往往要依赖一定的产业网络才能正常进行；而行政性垄断并不具有网络经济的特征，因此它可以采取多渠道输送产品。(4)从产品的必须性上看，自然垄断产业提供的为日常生活必须品，但从行政垄断存在的领域所提供的物品绝大部分是非日常必须的。因此自然垄断不等于行政垄断，必须科学的加以区别二者。
