针对社会很高的改革呼声，目前，我国政府已经着手对一些自然垄断的行业进行改革，有的已经基本改革完毕如电信；有的正在紧张的策划当中。对自然垄断行业的改革应该坚持以下几个指导思想和基本原则。
第一、实事求是对症下药。改革的途径与方式是多种多样的，究竟采取何种改革措施关键要取决于当前需要改革的对象存在那些问题。改革者应通过科学的研究来分析与发现问题的症结所在，然后对症下药采取合理有效的措施进行，切不可采取一刀切的做法。应该承认，目前我国的自然垄断行业确实存在问题，需要通过改革来加以解决和完善。但从我国自然垄断存在的主要问题来看，问题并不在于自然垄断行业的自然垄断而关键在于产业的管理制度问题尤其是由政企不分所引发的问题。因此改革的重点在于对垄断企业的相关管理制度的改革，而不是简单的进行分拆。简单的分拆并不能解决自然垄断存在的问题，最多只是改变了不完全竞争市场的类型而已。石油石化行业的改革结果就明显地验证了这一点。石油石化行业分拆重组后表面上是三足鼎立，但却不是在同一市场上引入三家竞争者，加上政府定价、进口限制以及对经理层的激励与约束机制不健全等，分拆并没有带来有效竞争和效率的提高，下游产业和消费者也没有从中受益。所以，我们应该理性的采取改革措施。
第二、效率优先兼顾公平原则。我国还是个发展中国家，发展经济仍然是我国的第一头等大事。当经济增长成为一种主导的需要时，效率应被优先考虑，同时也采取合理措施兼顾社会公平。自然垄断行业一般具有明显的网络经济的特征，它通过相应的产业网络为社会提供产品和服务。按照麦特卡尔夫定律(Metcalfelaw)，网络价值等于网络节点数的平方，网络效益随着网络用户的增加而呈指数增长。因此，自然垄断产业首先要求通过对市场的垄断来饱和自己网络空间以实现产业长期成本的下降；其次是通过生产与产业网络相关的产品减少社会交易成本达到范围经济效益。正是自然垄断行业的这些特征与属性往往要求它全程全网联合作业和统一兼容性，保持垄断结构。产业组织芝加哥学派早已指出：如果市场上竞争者过多，不利于规模经济的利用或者经济效益的提高，就应允许通过竞争、兼并拉推动市场集中。现代产业组织理论所倡导的效率标准进一步促使社会对垄断有了新的认识：垄断未必反竞争，而可能是高效的结果，只要垄断主体不滥用垄断地位，社会就应该尊重它的既有地位。这一观点不仅首先肯定了效率，同时也兼顾了社会公平，对我国的产业改革具有很现实和重大的启发意义。如果我们忽视经济发展规律，人为的干涉合理的经济运行，那必将遭到自然经济规律的惩罚。不仅可能导致消费者福利的减少，也可能使得自然垄断行业处于亏损甚至破产的境地，产生巨大的社会无谓损失，影响社会的正常发展。美国电信产业改革就是很好的一例。
第三、国际竞争原则。随着全球化的不断发展与进步，一个国家的企业所面临的竞争并不再仅仅局限在本国范围内，而逐步扩大到世界范围内即国际市场的竞争。正是在这一历史的背景下，上个世纪八十年代掀起了一场企业兼并的浪潮，各国纷纷通过企业合并来打造经济航空母舰以提高国际竞争力。这看起来似乎与单个国家的反垄断法的发展趋势不太协调，其实它是市场竞争背景变化的必然结果。我国已经加入WTO并承诺市场对外开放，中国的企业必将面临一场竞争的风暴。与西方发达国家的企业相比，客观而言，目前我国的企业规模还是很小的，并不足以抵抗外国大企业的市场竞争。国际背景的变化所要求我们做的是合并企业与改善企业管理制度而不是简单分拆。对自然垄断行业的分拆式改革只是考虑国内市场的情况，而没有考虑国内市场国际化的情景。这是与社会现实的客观发展需求是不相称的。我国自然垄断行业分拆式的改革所带来的并不是国内有效的市场竞争而是国外企业在中国市场上的垄断。
