从20世纪90年代开始，我国对自然垄断行业也进行了一系列的改革，但总体收效不高，仍存在着缺乏竞争机制、服务质量不高、投资渠道单一等问题。自然垄断行业改革的目的在于实现有效竞争，提高效率。为了进一步达到这一目的，需要在以下几个方面理清思路。
(一)健全法律法规，为政府管制改革提供依据
市场经济是一种法治经济，我国的自然垄断产业改革必须依法进行。今后要按照《立法法》规定的程序，大力推进自然垄断行业管制法律体系的建设，对已经制定出的自然垄断产业管制法律进行修改完善，另外还要做好与相关法律的协调工作，尤其是与反垄断法的协调。我国正在积极出台《反垄断法》，自然垄断体现为《反垄断法》的豁免，当然只是本身存在的豁免，而非行为的豁免，自然垄断企业的限制竞争行为一样应该受到《反垄断法》的查处。
(二)设立独立的管制机构，实现政企分离
长期以来，我国自然垄断产业的主要业务由中央或地方政府垄断经营，政府既是管制政策的制定者与监督执行者，又是具体业务的实际经营者，政企不分，行政垄断现象严重。在这种体制下，企业的生产经营活动由政府计划安排，企业无经营自主权，也不承担风险，这是我国垄断行业低效率的主要原因，因此政企分离是释放企业经营活力的关键。我国应该削减过多的狭窄管制机构，根据“功能线”要求组建对应产业数量较多的综合性管制机构，管制机构在国家法律授权范围内，独立执法，依法行政，并且还要做好与相关部门的合作。
(三)分离自然垄断业务，实现有效竞争
电信、电力、煤气、自来水等都是自然垄断产业，但这不等于这些产业的所有业务都具有自然垄断性质。在特定的自然垄断产业，总是既有自然垄断业务，又有非自然垄断业务，显然，对于垄断性业务只能由一家或极少数几家企业经营，以获得规模经济，应由政府管制;对于非自然垄断业务，则应实行多家企业竞争经营，以取得竞争活力，政府应放松管制，交由市场竞争。自然垄断领域改革的方向应是把垄断性业务与非垄断性业务分离，垄断性业务仍实行垄断性经营，非垄断性业务则应实行竞争性经营，以提高效率。但这种分离在实践中应考虑自然垄断业务与非自然垄断业务之间的范围经济性，区别对待。随着科学技术的发展，各产业的技术经济特征也会发生变化，总的趋势是使成本弱增的范围不断缩小，从而使自然垄断业务的范围缩小，技术进步不断改变着自然垄断的边界。
(四)制定合理的管制价格，模拟竞争
对于非自然垄断业务，政府可放松管制，交由市场竞争，市场机制有利于实现有效竞争。但对于自然垄断业务，政府该如何管制才能使规模经济与竞争活力相协调?这就需要政府把其从非自然垄断业务中分离出来，由一家或极少数几家企业垄断经营，政府以这类业务作为管制重点，建立模拟竞争机制。而制定合理的管制价格，是模拟竞争机制建立的核心。自然垄断业务的管制价格要同时实现促进社会分配效率、刺激企业生产效率和维护企业发展潜力三个目标，制定时难度较大。
(五)实行股份制改革，构造多元产权结构
股份制能大大增强自然垄断行业的融资和投资能力，有利于政企分开，提高效率。我国在自然垄断行业实行产权多元化既可以缓解基础设施领域投资不足的矛盾，又可以为企业构筑有效的治理结构奠定产权基础。在实行股份制时，我国必须对自然垄断业务和非自然垄断业务区别对待。一般来说，对自然垄断业务，应由国有企业经营，因这一领域的组织和控制问题是宏观经济改革中最困难的部分，对非自然垄断业务，可允许非国有资本进入，但要根据产业的具体情况把握好国有资本控股、参股及不参股的程度。我国在这方面应借鉴发达国家改革的经验教训，针对我国的具体情况，采取可行措施。
