虽然我国的反垄断执法走过了六个年头，已经有了一定的执法探索和经验积累，但与世界上发达国家上百年的反垄断执法历史相比，我国的反垄断执法还处在初始阶段。《反垄断法》本身的特点以及我国经济社会发展的阶段性决定了反垄断执法不可避免地会面临着一些问题。目前，我国反垄断工作及深入发展，必须处理好以下五个方面的矛盾。
1.执法环境与有所作为的矛盾，要改善执法环境，积极有所作为。我国市场上客观存在不同类型的垄断行为，《反垄断法》剑已出鞘，需要反垄断执法机构有所作为，因此，形成了执法环境与执法机构有所作为的现实矛盾。解决这一矛盾，需要不断改善反垄断执法环境，提高执法水平，逐步在全社会形成对反垄断客观、准确和理性的认识。同时，更为重要的是，在目前的执法环境下，反垄断执法机构要能够克服困难，有所担当，积极作为，持续推进有力、有效的执法，用行动不断促进反垄断执法环境的优化。
2.执法权威与执法对象的矛盾，要公平公正执法，树立执法权威。《反垄断法》本身的特点决定了其规制的主体具有一定的特殊性，反垄断执法的对象往往是具有一定市场力量的大企业，而且垄断行为的发现、调查取证、案件处理等，相比其他行政执法都更为困难和复杂。反垄断执法机构在执法中应当秉持公平公正的理念，关注的是垄断行为，而不是违法主体的性质如何，是国有企业、民营企业还是外资企业，坚持对市场上的垄断行为依法查处。树立反垄断执法权威的最好方式，就是执法机构始终公平公正执法，坚持严格依法办案。
3.执法成效与社会期待的矛盾，要加大执法力度，回应社会期待。反垄断执法机构需要加大执法力度，更加积极作为，充分发挥《反垄断法》的制度功能，查处社会普遍关注、反映强烈的行业和领域存在的垄断行为，以更好的执法成效回应社会对于反垄断的期待。
4.案件处理与社会评价的矛盾，要提高执法质量，建立执法自信。一个具体的反垄断执法案例往往会受到社会的普遍关注，案件调查处理结束后，执法机构向社会公开调查的过程、性质的认定以及处罚的结果等，实际上相当于将案件置于“显微镜”下让社会品评和监督。反垄断执法机构既要倾听各方面的不同意见，更要坚持执法理念，不为争议所惑所扰。
5.法律原则性与个案确定性的矛盾，要体现法律精神，用好自由裁量权。反垄断执法案件的调查处理都是具体而确定的，需要寻找切实明确的法律依据。反垄断执法机构在个案的处理中应当体现《反垄断法》的精神和理念。对于具体案件的处理，不是所有的依据都明确在具体的法律条文中，《反垄断法》的基本理念同样是案件处理的重要指引，要使个案的处理与制度规定和基本理念相契合。《反垄断法》赋予了执法机构较大的自由裁量权，在具体案件的处理中，执法机构在程序选择、处罚轻重等方面进行裁量，要充分依据事实和证据，善意而谨慎地用好自由裁量权。
