经营者违反《反垄断法》规定达成垄断协议是一种严重危害市场竞争的行为，应当受到严厉的制裁，因此《反垄断法》第四十六条对此作了明确的规定，包括以下三方面的内容：
1、对经营者的行政处罚
《反垄断法》第四十六条第一款规定，经营者违反本法规定，达成并实施垄断协议的，由反垄断执法机构责令停止违法行为，没收违法所得，并处上一年度总销售额百分之一以上百分之十以下的罚款；尚未实施所达成的垄断协议的，可以处50万元以下的罚款。这大概是我国迄今为止规定的最为严厉的财产处罚了，也足以证明垄断协议的危害性。国外的情况也是如此。美国将垄断协议视为严重犯罪行为，在谢尔曼法中就规定，如果参与人是个人，处以100万美元以下罚金或 10年以下有期徒刑，法院可以酌情并处；欧盟共同体条约及欧盟所属国如德国、罗马尼亚等规定，对经营者达成垄断协议的行为，处以经营者上一年度总销售额百分之十以下的罚款。另外，我国台湾地区公平交易法规定，经营者达成垄断协议的，对行为人处以3年以下有期徒刑、拘役，并可对行为人或企业并处1亿新台币以下的罚金。
2、对经营者的减轻和免除处罚——举报宽恕制度
《反垄断法》第四十六条第二款规定，经营者主动向反垄断执法机构报告达成垄断协议的有关情况并提供重要证据的，反垄断执法机构可以酌情减轻或者免除对该经营者的处罚。这是一项为规制垄断协议所建立的特有的制度。原因有三：第一，基于垄断协议的隐蔽性。垄断协议产生于违法经营者之间，具有协同性而不具有公开性。即使反垄断执法机构因市场情况异常而怀疑可能有垄断协议的存在，也不能像检查假冒伪劣商品或端“黑窝点”那样去搜集证据，因为根本不知道垄断协议在哪儿，有多大范围。第二，提高效率，节省执法成本。完全靠执法机构发现线索，收集证据，有时难度很大。而鼓励涉案人自首举报，显然可以大大提高办案效率和降低行政成本。第三，鼓励涉案人举报，有利于分化垄断协议参与者及其达成和实施垄断协议的信心，这对于预防和制止垄断协议有积极的作用。而且，举报宽恕制度也是国外长期实践的一项经验总结。
3、对行业协会的行政处罚
行业协会不属于《反垄断法》第十二条所定义的经营者，本来不是《反垄断法》的规制对象。但是在实际生活中，行业协会组织经营者达成垄断协议的情况却时有发生，其影响和危害性也往往比若干经营者联盟产生的危害性更大。因此《反垄断法》第十六条禁止行业协会组织本行业的经营者从事达成垄断协议的行为，随后又在第四十六条第三款中加以明确，行业协会违反本法规定，组织本行业的经营者达成垄断协议的，反垄断执法机构可以处以50万元以下的罚款；情节严重的，社会团体登记管理机关可以依法撤销登记。需要注意的是，此款的规定只限于行业协会，对于参加行业协会组织的垄断协议的经营者，适用的是对经营者的处罚规定，不能因此而获得减轻或免除处罚。至于社会团体登记管理机关撤销违法的行业协会的登记，须由反垄断执法机构提请进行。
