电子商务的基本原则主要有三个：1、中立原则;2、自治原则;3、安全原则。
1、中立原则
电子商务法的基本目标，归结起来就是要在电子商务活动中，建立公平的交易规则。这是商法的交易安全原则在电子商务法上的必然反映。电子商务既是一种新的交易手段，同时又是一个新兴产业。面对其中所蕴涵的，深不可测的巨大利益的诱惑，可以说没有哪个企业是无动于衷的。各种利益集团、各种技术，以及各个利益主体都想参与其中，在这个无比广阔的舞台上施展才华，谋取便利。其具体参与者有硬件制造商、软件开发商、信息提供商、消费者、商家等等，不一而足。而要达到各方利益的平衡，实现公平的目标，就有必要做到如下几点：
(1)技术中立。电子商务法对传统的口令法、以及非对称性公开密钥法，以及生物鉴别法等认证方法，都不可厚此薄彼，产生任何歧视性要求。同时，还要给未来技术的发展留下法律空间，而不能停止于现状，以至闭塞贤路。譬如新计算机的问世、新一代高速网络的出现等，都将考验电子商务法的技术中立性。这是在总结了传统书面法律要求的经验教训，而得出的方针。当然，该原则在具体实施时，会遇到许多困难。而克服这些具体困难的过程，也就是技术中立原则实现的过程。
(2)媒介中立。媒介中立与技术中立紧密联系，二者都具有较强的客观性，并且一定的传输技术，与相应的媒介之间是互为前提的。媒介中立，是中立原则在各种通讯媒体上的具体表现，所不同的是，技术中立侧重于讯息的控制和利用手段：而媒介中立则着重于讯息依赖的载体。后者更接近于材料科学。从传统的通讯行业划分来看，不同的媒体可能分属于不同的产业部门，如无线通讯、有线通讯、电视、广播、增殖网络等。而电子商务法，则应以中立的原则来对待这些媒介体，允许各种媒介根据技术和市场的发展规律而相互融合，互相促进。只有这样，才能使各种资源得到充分的利用，从而避免人为的行业垄断，活媒介垄断。开放性因特网的出现，正好为各种媒介发挥其作用提供了理想的环境，达到兴利除弊，共生共荣。
(3)实施中立。是指在电子商务法与其他相关法律的实施上，不可偏废;在本国电子商务活动与跨国际性电子商务活动的法律待遇上，应一视同仁。特别是不能将传统书面环境下的法律规范(如书面、签名、原件等法律要求)的效力，放置于电子商务法之上，而应中立对待，根据具体环境特征的需求，来决定法律的实施。如果说前述技术中立和媒介中立，反映了电子商务法对技术方案和媒介方式的规范，具有较强的客观性。而对电子商务法的中立实施，则更偏重于主观性。电子商务法如同其他规范一样，其适用离不开当事人的遵守与司法机关的适用。
(4)同等保护。此点是实施中立原则在电子商务交易主体上的延伸。电子商务法对商家与消费者，国内当事人与国外当事人等，都应尽量做到同等保护。因为电子商务市场本身是国际性的，在现代通讯技术条件下，割裂的、封闭的电子商务市场是无法生存生存的。
一言以蔽之，电子商务法上的中立原则，着重反映了商事交易的公平理念。其具体实施将全面展现在当事人所依托于开放性、兼容性、国际性的网络与协议，而进行的商事交易之中。
2、自治原则
允许当事人以协议方式订立其间的交易规则，是交易法的基本属性。因而，在电子商务法的立法与司法过程中，都要以自治原则为指导，为当事人全面表达与实现自己的意愿，预留充分的空间，并提供确实的保障。譬如以《示范法》第四条为例，就规定了当事人可以协议变更的条款。其内在含义是：除了强制性的法律规范外，其余条款均可由当事人自行协商制定。其实，《示范法》中的强行规范不仅从数量上很少，仅四条之多，而且其目的也仅在于消除传统法律为电子商务发展所造成的障碍，为当事人在电子商务领域里充分行使其意思自治而创造条件。换言之，《示范法》的任意性条款，从正面确定权利，以鼓励其意思自治，而强制性条款，则从反面摧毁传统法律羁绊，使法律适应电子商务活动的特征，更好的保障其自治意思的实现。可以说是一正、一反，殊途同归。
3、安全原则
保障电子商务的安全进行，既是电子商务法的重要任务，又是其基本原则之一。电子商务以其高效、快捷的特性，在各种商事交易形式中脱颖而出，具有强大的生命力。而这种高效、快捷的交易工具。必须以安全为其前提，它不仅需要技术上的安全措施，同时，也离不开法律上的安全规范。譬如电子商务法确认强化(安全)电子签名的标准 ，规定认证机构的资格及其职责等具体的制度，都是为了在电子商务条件下，形成一个较为安全的环境，至少其安全程度应与传统纸面形式相同。电子商务法从对数据电讯效力的承认，以消除电子商务运行方式的法律上的不确定性，以至于根据电子商务活动中现代电子技术方案应用的成熟经验，而建立起反映其特点的操作性规范，其中都贯穿了安全原则和理念。
