如果当个体户的营业执照和税务登记证遗失了，在办理公司注销的时候，应该这么办理：
1、登陆公示系统，将营业执照办理遗失公示；
2、在当地纸媒上向社会公众公示税务登记证遗失的公告。
当营业执照与税务登记证都公示完毕后，申请者就可以开始走注销流程：
1、整理个体户近3-5年的账簿、记账凭证等等材料；
2、前往税务局办理税务注销登记，取得清税证明。若当税务出现异常的话，则必须先根据异常原因做好相关准备，申请将异常移除；
3、登报公示，将公司申请注销向社会公众公示，公示期为45个自然日；
4、在公示期内，未出现异议情况，那么申请者就可以前往工商局申请营业执照注销登记。
当申请者完成上述事项的时候，就顺利完成个体户注销了，当然如果还有其他许可证的话，应该还需要办理相关许可证注销登记。
企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位（以下统称从事生产、经营的纳税人），向生产、经营所在地税务机关申报办理税务登记：
（一）从事生产、经营的纳税人领取工商营业执照（含临时工商营业执照）的，应当自领取工商营业执照之日起３０日内申报办理税务登记，税务机关核发税务登记证及副本（纳税人领取临时工商营业执照的，税务机关核发临时税务登记证及副本）；
（二）从事生产、经营的纳税人未办理工商营业执照但经有关部门批准设立的，应当自有关部门批准设立之日起３０日内申报办理税务登记，税务机关核发税务登记证及副本；
（三）从事生产、经营的纳税人未办理工商营业执照也未经有关部门批准设立的，应当自纳税义务发生之日起３０日内申报办理税务登记，税务机关核发临时税务登记证及副本；
（四）有独立的生产经营权、在财务上独立核算并定期向发包人或者出租人上交承包费或租金的承包承租人，应当自承包承租合同签订之日起３０日内，向其承包承租业务发生地税务机关申报办理税务登记，税务机关核发临时税务登记证及副本；
（五）从事生产、经营的纳税人外出经营，自其在同一县（市）实际经营或提供劳务之日起，在连续的１２个月内累计超过１８０天的，应当自期满之日起３０日内，向生产、经营所在地税务机关申报办理税务登记，税务机关核发临时税务登记证及副本；
（六）境外企业在中国境内承包建筑、安装、装配、勘探工程和提供劳务的，应当自项目合同或协议签订之日起３０日内，向项目所在地税务机关申报办理税务登记，税务机关核发临时税务登记证及副本。
根据2002年10月15日起施行的《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》中规定，“除按照规定不需要发给税务登记证件的外，纳税人办理下列事项时，必须持税务登记证件：
（一）开立银行账户；
（二）申请减税、免税、退税；
（三）申请办理延期申报、延期缴纳税款；
（四）领购发票；【手工发票除外】
（五）申请开具外出经营活动税收管理证明；
（六）办理停业、歇业；
（七）其他有关税务事项。
税务登记管理办法第十条规定以外的其他纳税人，除国家机关、个人和无固定生产、经营场所的流动性农村小商贩外，均应当自纳税义务发生之日起30日内，向纳税义务发生地税务机关申报办理税务登记，税务机关核发税务登记证及副本。
根据法律规定可以得知，税务登记证遗失应当先办理挂失程序，然后前往税务局办理税务注销登记，取得清税证明等。以上便是找法网小编为您带来关于税务登记证遗失了怎么注销的相关知识，若大家有什么不了解的亦或是有其他疑问的可以咨询找法网的律师。
