税务登记证注销了，还能申请，具体流程如下：
１、县以上（含本级，下同）国家税务局（分局）、地方税务局（分局）是税务登记的主管税务机关，负责税务登记的设立登记、变更登记、注销登记和税务登记证验证、换证以及非正常户处理、报验登记等有关事项。
２、国家税务局（分局）、地方税务局（分局）按照国务院规定的税收征收管理范围，实施属地管理，采取联合登记或分别登记的方式办理税务登记。有条件的城市，国家税务局（分局）、地方税务局（分局）可以按照“各区分散受理、全市集中处理”的原则办理税务登记。
３、国家税务局（分局）、地方税务局（分局）联合办理税务登记的，应当对同一纳税人核发同一份加盖国家税务局（分局）、地方税务局（分局）印章的税务登记证。
（一）纳税人到主管税务机关领取《注销税务登记申请表》，并按规定填写。
（二）纳税人将填写好的《注销税务登记申请表》送交主管税务机关，并提供下列有关证件、证明、资料
１、主管部门或董事会（职代会）的决议以及其他有关证件；
２、原主管税务机关核发的税务登记证件正副本、《发票购用印制簿》、剩余的空白发票和其他税收票证；
３、主管税务机关要求提供的其他有关证件、证明、资料。
（三）原主管税务机关对纳税人提供的上述证件、证明、资料核实无误后，在收到纳税人《注销税务登记申请表》和上述证件、证明、资料之日起３个工作日内，清理收缴纳税人的原税务登记证件正副本、《发票购用印制簿》、剩余的空白发票以及其他税收票证。
（四）原主管税务机关应自收到纳税人《注销税务登记申请表》和上述证件、证明、资料之日起３０个工作日内，结清纳税人的应纳税款、滞纳金、罚款，并将签注审核意见后的《注销税务登记申请表》退还一份给纳税人；如纳税人不能按期结清应纳税款、滞纳金、罚款的，原主管税务机关应依法处理。每个地区的税务局对此的要求是有些差异的，以上资料仅供参考，具体详情请与当地税务局联系
《中华人民共和国税收征收管理法》第十六条规定：从事生产、经营的纳税人，税务登记内容发生变化的，自工商行政管理机关办理变更登记之日起三十日内或者在向工商行政管理机关申请办理注销登记之前，持有关证件向税务机关申报办理变更或者注销税务登记。
第六十条规定：纳税人有下列行为之一的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款：其中就有：未按照规定的期限申报办理税务登记、变更或者注销登记的。
《税务登记管理办法》（国家税务总局令第７号）第五章注销登记
第二十八条纳税人发生解散、破产、撤销以及其他情形，依法终止纳税义务的，应当在向工商行政管理机关或者其他机关办理注销登记前，持有关证件和资料向原税务登记机关申报办理注销税务登记；按规定不需要在工商行政管理机关或者其他机关办理注册登记的，应当自有关机关批准或者宣告终止之日起１５日内，持有关证件和资料向原税务登记机关申报办理注销税务登记。
纳税人被工商行政管理机关吊销营业执照或者被其他机关予以撤销登记的，应当自营业执照被吊销或者被撤销登记之日起15日内，向原税务登记机关申报办理注销税务登记。
第二十九条纳税人因住所、经营地点变动，涉及改变税务登记机关的，应当在向工商行政管理机关或者其他机关申请办理变更、注销登记前，或者住所、经营地点变动前，持有关证件和资料，向原税务登记机关申报办理注销税务登记，并自注销税务登记之日起30日内向迁达地税务机关申报办理税务登记。
第三十条境外企业在中国境内承包建筑、安装、装配、勘探工程和提供劳务的，应当在项目完工、离开中国前１５日内，持有关证件和资料，向原税务登记机关申报办理注销税务登记。
第三十一条纳税人办理注销税务登记前，应当向税务机关提交相关证明文件和资料，结清应纳税款、多退（免）税款、滞纳金和罚款，缴销发票、税务登记证件和其他税务证件，经税务机关核准后，办理注销税务登记手续。
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