学术界认为中国的农业税制不科学。从世界各国来看，极少单独开征农业税的税种，一般农产品在作为商品的流通各个环节征收或根据农民净所得课税。中国农业税税基包括了农民用于最基本的生存支出，包括基本口粮支出、教育支出和医疗支出等成本。2003年农村税费改革后，农业税仍旧按土地的常年总产量计征，没有考虑当年总收入扣除生产耗费后的实际所得，这个常年产量既包括农民销售的商品粮、口粮和种子等;农业税实际上已退化为定额的“土地税”，或更像“地租”，有人戏称为“田亩税”、“人头税”。
属于不公平税赋
农业税属于不公平税赋。中国大陆自1981年开始，以800元月工资收入为起征点(2006年1月1日开始起征点调整为1600元)开征个人所得税，城镇个体户的增值税按销售额600元——2000元的起征点。农业税并没有起征点和免征额，无论土地常年产量是多少，是自用还是外销都要纳税，按全额计征，不符合税收公平原则。
地区税率差异大
以法定亩(15亩合1公顷)计算的平均税率悬殊。通常的税收负担平原地区大大高于丘陵地区，丘陵地区高于山区;不同行政区之间、相邻生产组织(如生产队)之间普遍存在较大的税率差异，有的相差一倍或更多。事实上随着灌溉条件的改善、病虫害防止手段改善和农作物品种的改良，每亩粮食单产量由二三百斤提高到八百到一千斤，而按照耕地平均计算每亩实物税额基本上自1950年代后期或1960年代初期以后一直维持不变。以湖南农村为例，平均每亩的实物税额从15公斤左右到超过50公斤(稻谷)，洞庭湖滨湖区平均税赋最高，而实际按粮食计量的产出相差不到20%左右。
