1、发放年终奖的当月工资高于3500元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。
2、当月工资低于3500元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(3500-月工资))*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(3500-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
由于单位发放给员工的年终奖形式不同，个人所得税计算方法也不尽相同。
单独作为一个月工资、薪金所得纳税，将雇员当月全年一次性奖金除以12个月，确定适用税率和速算扣除数。
当月工资薪金所得≥费用扣除额的， 应纳税额=全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数；
当月工资薪金所得〈费用扣除额的，应纳税额=(全年一次性奖金-差额)×适用税率-速算扣除数。
注意：1、该办法每人每年只许采用一次；2、其它奖金与当月工资、薪金合并缴纳个人所得税。
《国家税务总局关于明确个人所得税若干政策执行问题的通知》(国税发〔2009〕121号)规定，国税函[2002]629号第一条有关“双薪制”计税方法停止执行(即：已取消年底双薪的单独计税办法)。
个人取得年底双薪，如果其单位没有发放全年一次性奖金，可以按照全年一次性资金计税办法计税。如果其单位既有年底双薪，又有全年一次性奖金，并且二者在同一个月内发放，可以将年底双薪与全年一次性奖金合并，统一执行《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》(国税发〔2005〕9号)，如果二者不在同一个月份内发放，应将年底双薪并入当月工资、薪金，统一计算个人所得税。
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