说起反避税工作的难点，负责反避税工作的国家税务总局国际税务司有关负责人告诉记者，反避税调查难度很大，从锁定目标、调查取证，到功能风险的定性分析，再到确定调整方案、量化分析，最后同被调查企业一轮又一轮的谈判交锋，整个过程是一场艰难博弈和漫长的“拉锯战”。
反避税调查工作主要是对跨国公司通过转让定价等手段将已转移到国外的利润追缴税款。反避税调查工作面临周期长、调查取证难、被调查企业不配合、善于或精于钻法律空子等困难。这对反避税调查人员不仅是技术的较量，也是意志和心理的比拼。
被调查企业经常会采用拖延战术，以各种理由延缓调查的进度。当调查取得一定进展后，有的企业还会主动提交一个自行调整方案，希望税务调查人员满足已有的成果，放弃进一步调查。更有甚者，个别被调查企业会“善意”地提醒调查人员，如果不接受企业提出的调整方案，案件可能要面临被提起行政复议和行政诉讼的风险。这种“善意”的后面，威胁的意味显而易见。而这时，恰恰就是考验税务人员意志力的时候，只要意志上有丝毫的懈怠，就会造成国家税收的损失。
在反避税调查过程中，被调查企业也会千方百计隐藏对他们不利的证据。反避税调查的对象大部分都是跨国公司，其财务水平、内部控制水平都非常高，其利润转移经过严密的税务筹划，很难从财务系统表面发现问题。这些公司能够高薪聘请国际一流的税务筹划团队，他们都是会计、税务和法律领域的专家，而且擅长协同作战，要想在与这样一支精英团队的交锋中取胜，就必须具备高超的专业素养和过硬的心理素质。
