关于企业所得税的减免税备案管理要求主要散见于《税收减免管理办法（试行）》（国税发[2005]129号）和《国家税务总局关于企业所得税减免税管理问题的通知》（国税发[2008]111号），加之期间又出台了《中华人民共和国企业所得税法》及其实施细则，因此有必要结合上述规定对企业所得税减免税备案管理要求进行认真梳理，以免因不熟悉备案的最新相关要求而带来不必要的麻烦。
一、对企业所得税减免税备案性质的定位
在税收法律中，备案二字只有一次出现于《中华人民共和国税收征收管理法》第二十条规定：从事生产、经营的纳税人的财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件，应当报送税务机关备案。与此相对应，该法第六十条又规定未按照规定将财务、会计制度或者财务、会计处理办法和会计核算软件报送税务机关备查的，将承担相应的法律责任。但是，在第六十条中没有使用备案而是采用了备查二字。据此可以理解为：备案与备查具有相同的含义。
按照《现代汉语词典》解释，备案是指向主管机关报告是由存案以备查考。备查是指供查考。
因此，从字义上讲，备案的意义在于按规定报告相关内容。只要按要求报告了相关内容就算完成了备案程序。报告不同于申请，自然也不需要等待有权机关来进行审批。至于报告的内容是否真实、合法，则不是备案环节所要解决的问题。
对企业所得税减免税备案的性质也应基于前面的分析来进行定位，即企业所得税减免税备案完全有别于减免税审批，这种差异不是形式上的文字表述不同，而是要求在备案的过程中不能掺杂入审批的影响。如果在备案中渗入了经税务机关逐级审核后才作是否同意备案的结论，那就脱离了备案的本源而是借备案之名行审批之实。在这种情况下，纳税人是可以依法采取行政救济措施的。
二、处理好企业所得税减免税备案与审批的关系
《中华人民共和国税收征收管理法》第三十三条规定：减税、免税的申请须经法律、行政法规规定的减税、免税审查批准机关审批。而企业所得税减免税审批只在《中华人民共和国企业所得税法》第二十九条及其实施细则第九十四条作了规定，即实行民族区域自治的自治区、自治州、自治县对本民族自治地方的企业应缴纳的企业所得税中属于地方分享的部分，可以决定减征或者免征。自治州、自治县决定减征或者免征的，须报省、自治区、直辖市人民政府批准。因此，享有企业所得税减免税审批权的只有省级人民政府。除省级人民政府授权外，税务机关是无权进行企业所得税减免税审批的。可以这样说，目前除民族区域自治地方外，企业所得税减免税都属于备案类减免税项目。因此，税务机关应改变以往重审批轻管理的惯性思维。首先，不要留恋所谓的审批权限，不要将原来审批中适用的程序、要求等内容有意无意移植到备案管理中来。其次，要大力加强后续日常管理，强化事后监督检查，不能将备案管理理解为可以无所作为。
三、企业所得税减免税备案的相关要求
《税收减免管理办法（试行）》（国税发[2005]129号）规定：纳税人享受备案类减免税，应提请备案，经税务机关登记备案后，自登记备案之日起执行。纳税人未按规定备案的，一律不得减免税。
因此，纳税人在减免税备案中要关注以下问题：一是备案资料。要准备好主管税务机关要求提供的有关资料，减免税政策的执行情况就不需要报了，因为减免税尚未执行，何来减免税政策的执行情况？二是备案时间。针对不同的减免税项目，可能不同的省级税务机关会作不同的时间要求，宽的可能只要要求在汇算清缴报送。三是备案对象。由于目前没有明确的统一规定，备案对象可能在税务所、办税服务厅或相关业务科室。
主管税务机关在备案管理中也要注意履行相应的义务：应在受理纳税人减免税备案后7个工作日内完成登记备案工作，并告知纳税人执行。不得参照行政审批中20个工作日的时间要求。
四、企业所得税减免税备案的法律责任
纳税人采用欺骗手段进行减免税备案获取减免税的，税务机关应取消其减免税备案资格，停止减免税优惠，同时可以按照《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条、六十四条等有关规定予以处理。
税务机关按照实质重于形式原则对企业的实际经营情况进行事后监督检查。检查中，发现有关专业技术或经济鉴证部门认定失误的，应及时与有关认定部门协调沟通，提请纠正，及时取消有关纳税人的优惠资格，并追缴已经享受的减免税款。有关部门非法提供证明的，导致未缴、少缴税款的，按《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第九十三条规定予以处理。
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