当行政合同的当事人不愿意协商或者协商不成的，当事人可以根据仲裁协议向仲裁机构申请行政仲裁，并可根据生效的仲裁裁决申请强制执行。行政仲裁具有自主性、专业性、保密性管辖的确定性，而且费用低，速度快，有助于及时有效的解决行政合同纠纷。但是我国现行的行政仲裁适用范围过小，亟待扩充。
有必要以当前出现的人事部内设立专门仲裁聘用合同纠纷机构的做法为契机，并借鉴国外的成功经验，在现有的仲裁委员会下设立独立的行政合同仲裁委员会，专门处理行政机关与其合同相对人所缔结的行政合同纠纷。
考虑到行政合同的两个特征—行政性和合同性，笔者认为，对于可适用行政仲裁的合同内容也应当加以明确区分。对于行政合同中属于法律强行性规定的内容，如行政合同的目的、方式、手段、程序、范围、行政机关的职责权限、相对人的义务等，当事人无权自由处分，也不得通过仲裁进行救济，以避免一裁终局可能导致的不利后果。涉及到上述内容的争议，只能通过行政复议、行政诉讼途径加以解决。对于行政合同中属于当事人协商的内容，如行政合同的履行期限、履行方式、报酬、违约金赔偿等，合同纠纷的当事人则安全可以通过向行政合同仲裁庭申请仲裁。
建立解决行政合同纠纷的仲裁制度除了明确可仲裁的纠纷范围之外，更重要的是制定行政合同仲裁庭的组织机构及具体规则。
首先，应当明确为解决行政合同纠纷而设立的行政合同仲裁庭应当是一个常设的固定机构，有相当固定的仲裁员和明确的仲裁庭规则，以便于行政合同纠纷及时有效的解决。
其次，应当详细规定仲裁委员会的组成人员、法律地位、运作机制等等。例如，行政合同仲裁庭的组成人员可以限定为法律学者、行政法专家等;在行政合同仲裁的运作过程中，应坚持仲裁自愿原则、一裁终局原则，充分尊重当事人的意愿，保障行政仲裁的权威性;对于行政合同仲裁的具体规则可以参考我国劳动人事争议仲裁组织规则加以确定，对于行政合同的争议解决制度做如下规定：行政合同的当事人因履行行政合同发生争议的，可以自争议发生之日起六十日内向行政合同仲裁委员会申请仲裁，当事人对仲裁裁决不服的，可以自接到仲裁决定书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。仲裁裁决生效后，一方当事人不履行的，另一方当事人可以申请法院强制执行。
总之，行政合同仲裁的相关制度都要充分体现行政合同的特征，尤其是行政性特征。
