行政公益诉讼制度是一种与传统诉讼具有质的差别的新型诉讼制度，它在我国的确立决不是一朝一夕的事，而需要深入细致的理论准备和一定时期的实践探索，且该制度创设本身即包括原告资格范围、被诉对象范围、举证责任、诉讼时效、诉讼费用等多方面的配套改革和整体架构。
(1)起诉资格的拓宽和诉讼请求范围的扩大。
为使公益保护获得可诉性，不应苛求申诉人须与本案有直接利害关系，而应将原告范围扩及于任何组织和个人。诉讼请求的范围不应限于对个人损失的弥补和其权利状态的回复，还应要求对社会公益的弥补和保护。我们认为可在借鉴法国越权之诉和日本民众诉讼的分类方法基础上，将我国的行政公益诉讼界定为三类：一是民众之诉，指申诉人与本案无直接利害关系，但其利益因为公益致损而最终会受到间接侵害，故法律授权这些个人或组织代表公众提起公益性诉讼。二是受害人之诉，指一方面原告是本案中的直接受害人，另一方面被诉行政行为同时损害或威胁到社会公益，这时法律允许原告提起含有私益内容的公益诉讼，其诉讼请求包括保护私益和公益。这可能是最典型最有效的公益诉讼种类，因为 “私人检察总长的起诉资格能够发挥效果，必须真正有人具有动力进行诉讼，反对行政机关违反公共利益的不法行为。这类人只能是自己对案件也有起诉资格的人。由于起诉资格和原告所受损失的大小无关，故在私人代表公益提起诉讼的时候，往往是原告个人的利益较小，而公共的利益较大。”三是机关之诉，指负有维护公益职责的机关(如人民检察院、环保部门等)有权就其他机关的违法行为或不行为提起公益性行政诉讼。
(2)受案范围的规制。
为了不损害行政权的效率价值，遵守司法有限审查原则，有必要对行政公益诉讼的受案范围作出一定的限制。从将来的立法上说，在开放行政公益诉讼之初，可借鉴西方国家和我国台湾地区的立法经验，先在选举、环保、国有资产保护、垄断性行业、同业竞争等几个矛盾比较尖锐的领域中引入公益诉讼。同时，法院也要严把受案关，只有在公益确实受到违法行政行为的侵害，影响到多数公民的合法权益，无法直接根据现行《行政诉讼法》的规定起诉时，法院才可受理。
(3)举证责任的合理分配。
关于行政诉讼中举证责任负担的问题，理论界众说纷纭，诸如“被告负举证责任说”、“原告负举证责任说”、“根据法律要件分配举证责任说”、“根据原告人请求的内容分配举证责任说”等等。我们倾向于将举证责任分为一般举证责任和特殊举证责任，即“对被诉的具体行政行为由被告负举证责任，对于被诉具体行政行为以外的其他证明对象则应根据具体情况由原告或被告分别承担责任。前者可称为行政诉讼中的特别举证责任，而后者则可称为一般举证责任。”(注：蔡虹：《行政诉讼证据问题研究》，武汉水利电力大学出版社1998年版，第114页。)进言之，对具体行政行为合法性的举证责任由被诉的行政机关承担，有关程序上的事实或有关民事上的事实等，仍应遵循“谁主张，谁举证”的原则。此外，鉴于行政法规、行政规章及相应的规范性文件数量很多，内容也很繁杂，且考虑到依法行政的要求，应由被告承担提供法律法规及规范性文件的责任。有关对公益损害或可能损害的事实证据，则由原告负责提供为宜。此外还需注意，在法定的可适用行政公益诉讼的几个领域内，可在相关实体法中对实体意义上的说服责任之分配分别加以规定，使举证责任在不同领域中得到不同特点的配置。(注：参见郑春艳：《论民众诉讼》，载《法学》2001年第4期。)最后考虑到原告举证上的困难，可在诉前设置独立的证据调查阶段，这有利于及早明确争点，防止诉讼拖延，也便于法院严把立案关，防止滥诉。
(4)费用承担方式的改进。
按各国立法例，诉讼费用一般由败诉当事人负担，但在实际操作上，则由原告先行预付。然因公益性案件一般牵涉面较大，诉讼费用非常可观，加之在环境受害等新型案件中，动辄涉及高深科技知识和方法的综合运用，所需费用往往为公民个人和一般组织所难以承受。如果仅因诉讼费用问题而将原告拒于法院大门之外，这无异于强迫公民放弃对公益的保护请求。所以我国有必要吸纳其他国家的先进做法，适当减轻公众因提起行政公益诉讼而承担的费用，在相关法规中对诉讼费用的分担作有利于原告的规定。比如在法国，当事人提起越权之诉时，事先不缴纳诉讼费用，败诉时再按规定标准收费，数额极为低廉。(注：参见王名扬：《法国行政法》，中国政法大学出版社1988年版，第669页。)又如美国《清洁水法》规定，法院如认为合适，可将诉讼费用(包括合理数额的律师费和专家作证费)判给诉讼的任何一方。这些诉讼费用分配方式有利于保护公民提起公益诉讼的积极性，可资我国借鉴。
(5)胜诉原告的奖励。
公民提起行政公益诉讼，往往不是为了个人利益，而是为了公益，有时甚至与私人利益毫无关系，但其提起公益诉讼可能要花费大量的时间、精力和金钱。给予胜诉原告适当的奖励，一方面是对原告付出的弥补，另一方面，有利于鼓励更多的人监督行政行为，维护社会公益。
