善意取得制度在很大程度上解决了权利冲突的同时，也引起了一些极其特殊的新冲突。当在同一物上存在两个以上的符合善意取得条件的民事主体时，各善意第三人均以善意取得为由要求确认自己对该物的所有权，由此产生善意第三人对抗善意第三人的情况，即称为善意对抗。其中的“取得”并非仅指现实占有，而是包函获得物之所有权和现实占有两种情形。
一、占有改定情形下的善意对抗
案例一：甲、乙系夫妻关系，共有一电动车。某日，甲擅自将车卖与丙，约定丙先付价款取得该车，丈夫甲再用五日，丙五日后来取车。与此同时，妻子乙将该车卖与丁，条件同上。五日后，丙、丁同时来取车，发生纠纷，丙、丁均不愿接受退款，都主张对该车的所有权。
占有改定的情形下，该车的所有权已发生转移，但该车仍为原所有人占有，在此前提下产生了两个“善意取得”人，如何平衡他们之间的利益冲突呢?当三方协商不成时，现实中，也许随便把车判给一方，其他人的损失由过错方承担，这样的处理无疑是很简洁明了的了。但是我们能否站在各方独自的立场想一想，确定一个能够引起各方“共鸣”的解决方案呢?答案是肯定的。我们可以令过错的一方(甲和乙)逐渐提高对放弃主张善意取得的一方(丙或丁)的赔偿额度，直至其中一方接受赔偿，放弃主张善意取得。这样未取得该车的一方就不会有什么损失和不满，而负责赔偿的出让方(甲和乙)则是咎由自取，不能有什么怨言。
然而当上述所有权转移时间不一致时，就有点小麻烦了。如果乙与丁之间的买卖发生在甲与丙买卖之后，那么当丙、丁同时来取车时，会不会产生善意对抗呢?不会，因为善意是相对而言的，丁可以凭借自己相对丙的善意第三人身份取得该车的所有权。他完全符合善意取得的要件：1.在乙将该车卖与丁时，该车已经归丙所有，而乙是基于丙的意志占有该车，而且将车卖与丁是无权处分,2.受让人丁不知也不应知乙无权处分该车，一直是善意的。同时,丙把已经属于自己的电动车交与甲和乙占有，应该意识到该车有被甲无权处分、被盗\被毁等风险。故丁相对丙善意取得该电动车。再假定，丙在丁之前先行占有了该车，那么就是这样一种情况了：继丁成为丙的相对善意人后，丙又成为丁的相对善意人。因为:1.在丙现实占有该车之前，丁已经通过善意取得制度取得了该车的所有权，且甲是基于丁的意志占有该车,2.受让人丙不知该车为丁所有、甲是无权处分，一直处于善意第三人的状态。同时,丁把已经属于自己的电动车交与甲和乙占有，应该意识到该车有被甲、乙无权处分、被盗被毁等风险。
二、所有权保留与占有改定情形下的善意对抗
所有权保留情形下的现实占有标的的善意第三人与占有改定情形下的形式上拥有标的所有权的善意第三人之间的权利如何平衡和确认呢?这就需要对各权利加以限制。对权利的外在限制，不仅仅是出于维护空泛的“社会整体利益”和维持社会秩序的功利考虑，更是为了保护更多的权利和扩大权利的范围。
假设在案例一中，乙将电动车卖与丁，丁现实占有了该车，但须付清价款后方取得所有权,丙知此事后要求法院确认乙与丁的买卖无效，而丁主张自己是现实占有人，而且有能力也愿意将价款付清。法律应该维护丁对该车的占有权，进而维护其所有权。其一，无论乙、丁之间的买卖行为是否在甲、丙买卖行为之后，丁总是丙的相对善意人。其二，丁对该车的现实占有已经产生了公信力，在高效的经济生活中，很可能因为丁对该车的现实占有发生另一个“善意取得”的情况，引起基于丁的现实占有而出现的善意第三人与占有改定情形下的善意第三人丙之间的权利冲突，造成不必要的纠纷，不利于维护交易安全，有悖民法的价值追求。
总之，在出现善意对抗的情况下，应该坚持善意取得的本质要求，选择更有利于维护交易安全，保护静态和动态财产关系的处理方法，最大限度地维护当事人的合法利益，最大可能地维护不特定当事人的——社会大众的利益，通过限制一定的权利而获得更多更重要的权利。
