长期以来，我国机关事业单位与企业养老保险实行“双轨制”，这几乎成了难以破解的制度性困局。为解决这一难题，广东深圳在适应公务员聘任制改革以及事业单位人事制度综合配套改革试点的同时，先行先试，于2007年开始探索机关事业单位养老保险制度改革，取得了积极的进展。
2007年1月，经原人事部批准，深圳开始试点公务员聘任制改革，改革方案中对聘任制公务员同步实施了养老保险制度改革。2010年5月，深圳市出台行政机关聘任制公务员社会养老保障试行办法，全市所有新进公务员实行新的社会养老保险和职业年金相结合的养老保险制度，实现了公务员与企业职工社会养老保险制度的统一。
在总结评估机关聘任制公务员养老保险制度改革的基础上，2012年，深圳将该制度进一步推广到事业单位，自当年8月25日起，事业单位新聘工作人员全部实行社会养老保险和职业年金相结合的养老保险制度。至2014年6月底，参加社会养老保险和职业年金的机关事业单位“新人”(聘任制公务员和事业单位新聘人员)已超过7000人。
改革的基本思路是，采取先易后难的方式，从机关事业单位新聘人员入手实施改革，破除“双轨制”，改变现行的以在职工资为基数核定退休费并由财政现收现付的做法，建立和完善适应经济社会发展需要，既与企业社会养老保险制度相统一，又体现机关事业单位职业特点的社会养老保险和职业年金相结合的养老保险制度。
改革的基本内容包括两点：一是实行社会统筹和个人账户相结合的社会养老保险制度。机关聘任制公务员和事业单位“新人”的养老保险与企业职工实行统一的制度，由单位(财政)和个人以月工资总额为基数缴费，分别按14%和8%的比例缴纳社会养老保险费。退休后的养老金计发办法与企业职工完全统一。参保人员退休后的基本养老金不再跟随在职人员工资水平同步调整，与企业退休人员基本养老金统一调整。
二是建立职业年金制度。职业年金制度是指机关事业单位人员在参加社会养老保险的基础上，单位为保障其退休待遇所建立的补充养老保险制度。另外，筹资模式也变为，由单位(财政)按新聘人员的月工资总额的一定比例为其缴纳职业年金，个人不缴费。
业内人士分析，深圳机关事业单位养老保险制度改革至少实现了四个目标：实现了机关事业单位与企业职工社会养老保险制度的衔接和统一，畅通了机关事业单位与企业的交流渠道，保障了“新人”合理的退休养老待遇，有利于促进公职人员廉洁从政。
