工程质量和工程造价鉴定部门的确定
工程质量鉴定部门指的是各地人民政府建设行政主管部门所属的建设工程质量监督检验站。工程造价鉴定部门指的是各地城乡建设治理部门对涉案的有关工程规划、设计、建设、安装、造价等方面的问题进行鉴定。审计机关的审计意见不能作为确定工程款的直接依据，除非建设工程承包合同双方有此明确约定。根据我国《审计法》第二条，审计机关是代表国家对各级政府、国有金融机构和企业事业组织的财务收支或者财务收支的真实、合法和效益依法有权进行审计监督。该法第二十条规定：“审计机构对国有企业的资产、负债、损益，进行审计监督。”审计监督主要是对国有资产是否造成了损失，国家机关和国有企事业单位是否违反了财经纪律等问题进行监督。
对于违反财政收支规定的行为，审计机关有权予以处罚、制止、责令改正，假如发现交易双方恶意串通损害国家利益的，审计机关也有权予以处罚。审计机关如发现此类问题并在审计结论中作出了认定，该认定的事实也可以作为确定合同无效的因素加以考虑。审计监督在性质上只是一种行政监督，作为行政机关的审计机关一般不能对工程款的计算、确定做出决定。因为有关工程款问题涉及到当事人双方的合意，应当由当事人按照协议来解决。即使在工程款发生争议后，需对工程款进行鉴定的，也应由专门鉴定机构以及建设行政治理部门来确定，而不能由审计机关来解决工程款问题，否则，与审计机关的职责明显不符。当然，审计意见可以作为一种证据使用，成为法院定案的参考，但不能将意见作为定案的主要依据。
对委托鉴定部门的资格审查。主要有：
(1)审查有无法定鉴定资格;
(2)审查核发执照的营业范围;
(3)审查鉴定资质、技术力量、信誉等;
(4)审查与案件当事人有无利害关系。
对委托鉴定结论的效力认定
(1)委托鉴定结论的性质。鉴定结论，亦称专家意见或鉴定人意见(区别于普通证人的证言)，是指鉴定人运用自己的专门技术知识、技能、工艺以及各种科学仪器、设备等，根据当事人的委托、双方当事人的协商、法院的指派或委托对在诉讼中出现的某些专门性问题进行分析、鉴别后所提出的结论性意见。鉴定结论是诉讼中的一种重要证据。
(2)效力认定。鉴定结论经过质证后，确定其证实力和证实力的大小，通常要从以下几个方面进行审查判定：
①鉴定人是否具备鉴定能力;
②鉴定人使用的鉴定手段是否科学;
③鉴定人同案件当事人或案件处理结果是否有利害关系;
④鉴定人使用鉴定材料是否充分可靠;
⑤要将鉴定结论同案内其他证据联系起来进行审查判定，看鉴定结论同其他证据是否具有一致性，如不一致，就要认真查证，不能采取简单肯定或否定的态度。人民法院委托鉴定部门作出的鉴定结论，当事人没有足以反驳的相反证据和理由(指鉴定结论与其他证据证实的事实相矛盾)的，可以认定其证实力。
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