一、收购双方协商收购事宜
尽管收购协议的当事人是收购方以及目标公司的股东。但是通常情况下，收购方进行收购之前会与目标公司董事会提出收购意向，双方就收购事项进行磋商和谈判，最终就收购事宜达成一致意见。在大多数情况下，这些工作是在收购方与目标公司之间秘密进行的。所以协议收购一般都是善意收购。
关于收购协议内容的协商和谈判的注意事项，参见本书关于非上市企业并购的兼并协议部分内容。
二、征得被收购股权所有人或其代表的同意，以及向有关主管部门申请批准转让
依据《上市公司收购管理办法》第16条的规定，涉及国家授权机构持有的股份的转让，或者须经行政审批方可进行的股份转让的，协议收购相关当事人应当在获得有关主管部门批准后，方可履行收购协议。
如果股权转让协议涉及国家股或者(国有法人股)，必须向相应的国有资产管理部门提出报告，申请批准。另外有些特殊股份的转让还必须征得有关主管部门的批准。例如，在转让股份为外资股的情况下，必须获得外资管理部门的批准;如果上市公司为金融类公司，那么还必须获得中国人们银行总行的批准。如果出让的股份为非国有性质，那么股份持有人即为其所有人，只需征得持股股东的同意即可。
三、收购方与拟被收购的股权人签订收购协议
股权转让协议是上市公司收购中最重要的法律文件，协议双方当事人应当在协议中约定收购股份的数量、价格和履行方式、期限、双方的权利义务。股权收购协议实行的是有限的意思自治原则，即协议双方只能在证券法律规范允许的范围内进行自由的协商。
如果双方的协议内容超出了有关证券法的强制性内容，那么这些条款是无效的。我国法律对于上市公司协议收购的限制性规定包括：
(1)在上市公司的收购中，如果已经采取了要约收购方式进行收购，收购人在收购要约期限内，不能采取协议收购的方式进行收购。这是收购要约法律效力的必然要求。否则，一方面收购人对广大股民发出收购要约，同时又和控股股东进行协议收购的话，则很可能损害到中小股东的利益。这是股东权一律平等的要求。
(2)发起人所持的股份在公司成立后3年内不得转让。股份一经发行，原则是可以自由转让的，但是法律对发起人自由转让其持有的股份的期限，是为了维持公司财产的稳定，同时避免发起人利用手中掌握的信息，进行内幕交易，损害其他股东和公司的利益。
(3)以协议收购方式进行上市公司收购，相关当事人应当委托证券登记结算机构临时保管拟转让的股票，并将用于支付的现金存放于证券登记结算机构指定的银行账户。这就是法律对于股权收购协议中关于协议涉及的股份和对价的支付方式的强制性要求。
(4)通过协议收购方式获取被收购公司股份并将该公司撤销的，属于公司合并，被撤销公司的原有股票由收购人依法更换。
(5)与要约收购一样，在上市公司协议收购中，收购人对所持有的被收购的上市公司股票，在收购行为完成后的6个月内不得转让。这也是为了防止内幕交易，维护证券市场的稳定、保护中小股东和公司的利益而设定的。
四、协议收购双方履行收购协议，办理股权转让过户等相关手续
协议收购相关当事人完成上述程序之后，进入协议履行阶段。双方应当按照协议中约定的关于拟转让的股份的数量、价格、支付方式、履行期限等规定履行收购协议。
当事人还应当按照证券交易所和证券登记结算机构的业务规则和要求，申请办理股份转让和过户登记手续
(1)公告上市公司收购报告书后，相关当事人应当委托证券公司申请办理股份转让和过户登记手续;接受委托的证券公司应当向证券交易所和证券登记结算机构申请拟收购部分股份的暂停交易和临时保管;予以暂停交易和临时保管的，应当做出公告; 证券交易所可以根据证券市场管理的需要，做出被收购公司挂牌交易股票暂停交易的决定;证券交易所在收到股份转让申请后三个工作日内完成审核，对所申请的股份转让做出予以确认或者不予确认的决定。
(2)证券交易所对所申请的股份转让予以确认的，由接受委托的证券公司代表转让双方向证券登记结算机构申请办理股份过户登记手续，受让人在过户登记手续完成后二个工作日内做出公告。 证券交易所不予确认的，接受委托的证券公司应当在收到证券交易所通知的当日，将不予确认的决定通知转让双方和被收购公司，并代表转让双方向证券登记结算机构申请解除对该部分股票的临时保管;出让人应当在获悉不予确认决定后二个工作日内做出公告;
(3)股份转让过户登记手续完成后，由接受委托的证券公司代表受让人向证券登记结算机构申请解除该部分股票的临时保管，受让人在提出解除保管申请后的二个工作日内做出公告，该部分股票在证券交易所恢复交易。
