母公司理论的不足之处如下：
1、它假设一个集团是由控制着许多子公司的母公司构成。它既没有考虑一个集团也可以由两个以上规模相当的公司合并而成的可能性，也没有考虑受一个以上公司控制或受到另一个公司重大影响的公司。
2、它不仅忽视了少数股权股东的利益，也忽视了除股东以外的所有其他利益当事人的利益。
3、合并有关资产和负债时，母公司自身按历史成本，子公司净资产中属于母公司权益的部分按企业购并日的母公司实际支付价格，属于少数股权的权益部分则仍按帐面价格——历史成本。这样对同一项目采用了双重计价标准，违背了历史成本原则和一致性原则，得出的信息缺乏相关性。
4、在外币报表折算时，时态法与母公司理论相适应，但实际中常有采用现行汇率法等，这就与编制合并报表所依据的母公司理论不一致。
5、母公司理论将少数股权股东的权益作为负债，将少数股权的收益看作费用，不符合负债和费用会计要素的定义。
从目前情况看，尽管母公司理论存在上述很多缺陷，但母公司理论还是被普遍接受。因为合并会计报表的主要使用者是母公司或控股公司的股东，它们都欢迎实务中以该理论为基础形成的合并报表。不过，该理论还有待不断探索和完善。
