国务院一九九0年十二月十二日发出的“关于在清理整顿公司中被撤并公司债权债务清理问题的通知”中明确规定公司撤并，其债权债务按如下方法处理：
一、清理债权债务，必须依照《民法通则》和本通知精神进行，凡具备《民法通则》第三十七条、四十一条规定的法人条件，并且与开办公司的党政机关脱钩的，一律以公司经营管理或所有财产承担民事责任清偿债务。
二、公司与原主管单位脱钩以前所欠债务的处理。各级党政机关及其所属编制序列的事业单位，凡是向其开办的公司收取资金或实物，用于本机关的财务开支或职工福利、奖励、补贴等开支的，应在收取资金和实物的限度内对公司所欠债务承担责任。
三、被撤并公司的主管部门或者清算组织，需负责处理被撤并公司的债权、债务，并对公司财产进行清点、保管、处理，对公司的债权要主动追偿，对公司的债务要在清查的基础上，分别不同情况予以清偿。
四、公司虽经工商注册，但实际上没有自有资金，或者实有资金与注册资金不符，由直接批准开办公司的主管部门或者开办公司的申报单位、投资单位在注册资金范围内，对公司债务承担清偿责任。对注册资金提供担保的，在担保范围内承担连带责任。
五、注册资金是国家授予企业法人经营管理的财产或者企业法人自有财产的货币体现。各级机关和单位已向公司投入的资金一律不得抽回。公司的主管部门或开办单位如有抽逃、转移资金、隐匿财产逃避债务，应将抽逃、转移、隐匿的资金全部退回，清偿公司债务，如有剩余，是党政机关投资的，一律作为国有资产，由直接投资单位收回，属于集体企业投资的，退回原单位。
六、被撤销的公司资不抵债，按下列顺序清偿：
1、合理的工资、生活费；
2、依法应缴纳的各项税款；
3、国家银行、信用合作社和其他金融机构贷款；
4、其他债务。
公司财产不足清偿同一顺序的清偿请求，按比例分配。
七、党政机关及其所属编制序列的事业单位，对所属被撤销公司的债务承担责任的，只能用预算外资金承担责任。
八、合并的公司，由合并后的单位享有原公司的债权，承担原公司的债务
