司法实践中，判断关联交易行为是否合法，可以根据以下几个方面：
１、关联交易是否违反法律规定的程序要件
程序要件是关联交易行为过程方面的法律要求，为了制约关联交易中的违法行为，各国对关联交易的行为过程都规定了程序方面的条件，即关联交易的披露和批准制度。
关联交易的信息披露制度，即在公司间形成关联关系的过程中，关联公司应当向被关联公司为公告，使后者知晓公司股份持有情况的变化。充分的信息披露虽然是保障关联交易公正与公平的关键，但是披露与否与关联交易的实质上是否公平、是否公正，并无必然的法律联系，也就是说，即使对关联交易未履行披露义务，也不必然因此而导致关联交易行为归于无效。
关联交易的批准制度则与披露制度不同，各国公司法都对公司关联交易的批准作了规定，即对公司的关联交易行为需要特殊的批准，尤其是公司股东会和董事会的批准，关联交易才能够进行并具有法律效力，否则归于无效；
２、关联交易行为是否违反法律和行政法规的规定
如果关联交易本身即违反了法律和行政法规的禁止性或强制性规定，则该关联交易行为明显即为违法关联交易行为，如公司董事、高级管理人员违反公司章程的规定或者未经股东会、股东大会同意，与本公司订立合同或者进行交易的行为，明显违反公司法的规定而为违法关联交易行为；更为明显的，再如公司关联人之间的毒品买卖行为，无论在何种条件下，均为违法甚至是犯罪行为；
３、交易动机是否存在恶意
动机，是推动人从事某种行为的念头。念头是思想意识形态的东西，虽然不好把握，但可以根据关联人的行为来进行判断。这实际是民法中善意与恶意的判断标准。关联交易实际涉及着关联人的利益，在交易时难免会有关联人违反交易义务的情况。司法实践中，应当根据关联交易人交易行为体现出来的交易目的是否正当、交易动机是否出于诸如操纵市场、转移利润或财产、虚假报表、逃避税收等恶意来判断关联交易的合法性；
４、关联交易本身是否违反常规
所谓违反常规交易，即依商业交易习惯，交易条件明显不当。违反常规交易经常表现为掠夺性交易，常见类型是关联公司之间商品、服务或股票、资产的销售、转让或交易价格，明显地低于国际或国内市场上正常合理价格的；关联公司之间相互融资而不计收利息的；违反公司章程规定提供担保；关联公司之间借贷款项，以明显低于融资成本之利率计收利息的等。
关联交易就是企业关联方之间的交易，关联交易是公司运作中经常出现的而又易于发生不公平结果的交易。关联交易在市场经济条件下主为存在，从有利的 方面讲，交易双方因存在关联关系，可以节约大量商业谈判等方面的交易成本，并可 运用行政的力量保证商业合同的优先执行，从而提高交易效率。从不利的方面讲，由 于关联交易方可以运用行政力量撮合交易的进行，从而有可能使交易的价格、方式等 在非竞争的条件下出现不公正情况，形成对股东或部分股东权益的侵犯，也易导致债权人利益受到损害。
虽然我国的相关法律等对关联交易都有所涉及，却都没有明确对关联关系进行界定。比如会计法并不强调对交易的调整而是侧重于记载和披露，关联交易作为经济主体之间的一种交易行为，其基础的法律界定并不适合由会计法来进行。虽然 证券法也有较多规定，但因其只适用于上市公司而不具普遍性和基础性。要调整关联交易，首先要判定经济主体之间的关联关系，其次要重点调整市场主体多种形式的交易行为，因此相对而言，公司法更适合对关联交易作出基本的界定。正因如此，新公司法对决定关联交易的关联关系以及规制关联交易的基本原则和措施，做出了基本的规定。新公司法第２１７条对关联关系进行了基本界定：“关联关系，是指公司控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员与其直接或者间接控制的企业之间的关系，以及可能导致公司利益转移的其他关系。但是，国家控股的企业之间不仅因为同受国家控股而具有关联关系。”这是公司法实现自己的法益目标、承担自己使命的有力措施。
要使禁止的法律原则得以有效的遵守，具体技术性条文的支撑是必不可少的，也是法律规定具备可操作性的基本条件。比如新公司法第１２５条规定：“上市公司董事与董事会会议决议事项所涉及的企业有关联关系的，不得对该项决议行使表决权，也不得代理其他董事行使表决权。该董事会会议由过半数的无关联关系董事出席即可举行，董事会会议所作决议须经无关联关系董事过半数通过。出席董事会的无关联关系董事人数不足３人的，应将该事项提交上市公司股东大会审议。”此种具体的可操作的条文为防止不正当的关联交易提供有效的规制工具。
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