《土地出让金管理办法》的主要内容包括建立土地出让金收支专户、土地出让金全额进入地方预算、土地出让金分配方式等，其中国有土地出让收益的分配和管理机制是其中的核心问题。
土地出让金纳入地方
土地出让金管理办法：一直以来，土地出让金有中央和地方管理两种思路。其中，国土资源部的意见就是成立国家土地专项基金，由中央政府部门统一管理土地出让金。
此次土地出让金改革是建立土地出让金专用账户，取消预算外的收支专户，将土地出让总收益全部纳入地方财政预算，同时彻底将征收和支出两条线进行了分离。财政把地方财政纳入预算，将加大财政部门在土地管理中的话语权。专家表示，在土地使用、整体规划、土地整理、补偿等问题上，国土资源部仍将起到重要作用。
有别于国土资源部将土地出让金统一上收、建立基金专户、由中央统一调配的思路，财政部当时提出的方案核心，是由地方自行安排土地出让金的使用，土地出让金管理办法但规定其中用于“三农”及社会保障的资金比例，并纳入地方财政预算内管理，监督其使用。
由于土地出让金收入存在较大的波动性，财政部方案还规定，在当年度的土地出让金收益中40%纳入次年财政预算，并规定地方政府不得用于当期收入安排使用，剩余部分则由地方政府在相关领域内自行支配。
在土地出让金管理办法体制上，管理办法明确了仍由地方政府管理、中央政府监督的原则。不同的是，以前只是笼统地说，土地出让金由地方政府负责，现在已经明确了由省、区、市政府一把手负责。专家称，土地出让金的一部分统一由中央调配的做法可能会抑制地方政府的批地冲动。
据悉，土地出让金管理办法各城市须在当年度的土地出让收益中提取一部分纳入次年的财政预算，地方政府不得用于当期收入安排使用，剩余部分则由地方政府在相关领域内按规定支配。将土地出让收益纳入次年预算将进一步增加透明度，业内专家认为，这有助于防止地方政府“坐支”，使地方政府从以地生财的短期利益中转移出来，着眼于长期收益。
建立专用账户
在土地出让金管理办法此之前，土地出让以协议出让为主，交易双方协商价格，出让后直接用于市政建设，不少地方的发改委和财政局都无从过问出让价格和用处。上世纪90年代中期，北京被查出有100亿元土地出让金收入用于违规性城市建设，包括建招待所等，中央开始重视土地出让金的使用问题。
专家表示，土地出让金管理办法规定土地出让金属于财政性资金，应该由财政专户管理。但是地方在将这笔资金交到财政专户前有个过渡户，是由国土部门直接支配，用于支付土地开发公司的土地整理及农民补偿款。进入专户前，财政对这笔资金的具体收支还是不知情。规定了土地出让金财政专用账户后，所有的土地出让金都要进入这个账户，比如说，如果一块地以1000万元成交，这1000万元必须进入财政账户，由财政部门掌控，至于后期的利益分配，都由财政部门来执行，这样既保障了财政的完整性，又体现了国家土地财政的特征。
支持农村建设
土地出让金管理办法：今后的土地出让总收益的分配情况为：50%-60%被用于拆迁补偿和土地一级开发，15%用于农村土地开发和农村基础设施建设，5%用于廉租房建设，其余的才能用于城市基础设施建设和城市土地开发。
有些省、市已经先行一步。从5月1日起，重庆市就规定，土地出让金收益计提农业土地开发资金的比例由按国家核定的土地出让平均纯收益的15%调整为20%。
“以前土地出让金管理办法各地土地出让金收入用于失地农民补偿、农业土地开发、廉租房建设等公共事业的比例偏低，大部分被用于城市基础设施建设和城市土地开发，这成为中央政府不得不重视的问题。”专家表示，“这样硬性规定主要是为了支持新农村建设。”我国的土地管理体系随着新规定的出台和相关法规的逐步完善将逐步呈现出“体系健全、分工明确、多部门协调”的格局。地方政府在土地领域的“自由空间”将会变窄，这将有利于遏制土地违法、违规问题。
出让金的性质?
土地出让金，实际上就是土地所有者出让土地使用权若干年限的地租之总和。现行的土地出让金的实质，可概括为它是一个既有累计若干年的地租性质，又有一次性收取的似税非税性质的矛盾复合体。土地出让金具有地租而非税性质。税收是国家作为管理者对纳税人为国家缴纳的经济义务，具有强制性、无偿性和固定性。土地出让金，将累计若干年地租总和，采取一次性收取，则又似有税收的非租性质。土地出让金自身就是这样一个内在矛盾的复合体。也就是说，土地出让金，是租非租，似税非税。 土地出让金已成为地方政府预算外收入的主要来源。 土地出让金准确地说，是土地使用权的交易价格;也可简单地理解为地价，其价格高低取决于土地市场的供求关系。 《土地管理法》对土地出让金的使用范围作出了明确的规定，土地出让收入主要用于征地和拆迁补偿支出、土地开发支出、支农支出和城市建设支出等。
在土地国有的情况下，土地出让金管理办法国家以土地所有者的身份将土地使用权在一定年限内让与土地使用者(国土部要求开发商必须在1年或2年内开发，如囤积土地要罚款或收回土地使用权，但地方政府多数不执行多数袒护开发商，导致房源紧张房价暴涨)，土地使用者一次性或分次支付的一定数额的货币款称为土地出让金。土地出让的高低与土地的用途、位置和土地出让年限紧密相关。土地出让金一般一次性支付。但有的土地的出让金金额巨大、办理出让手续所需的时间较长，所以也有多次支付的形式。可见这种多次支付和现在时兴的“年租制”还是有所不同的。
