国家税务总局《关于土地使用税若干具体问题的解释和暂行规定》(国税地字[1988]15号)第四条规定，土地使用税由拥有土地使用权的单位或个人缴纳。拥有土地使用权的纳税人不在土地所在地的，由代管人或实际使用人纳税;土地使用权未确定或权属纠纷未解决的，由实际使用人纳税;土地使用权共有的，由共有各方分别纳税。第五条规定，土地使用权共有的各方，应按其实际使用的土地面积占总面积的比例，分别计算缴纳土地使用税。国家税务总局《关于土地使用税若干具体问题的补充规定》(国税地字[1989]140号)第二条规定，纳税单位与免税单位共同使用共有使用权土地上的多层建筑，对纳税单位可按其占用的建筑面积占建筑总面积的比例计征土地使用税。
综上所述，不同单位共用一个高层建筑的土地证，应按拥有建筑面积占总建筑面积比例计算应缴纳的土地使用税。即年应纳税额=(应税土地面积×该级次土地单位税额)×某纳税人使用建筑面积÷该楼总建筑面积。
